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LARGE-SCALE MAPPING OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS FROM CROSSLINKING MASS SPECTROMETRY

机译:来自交联质谱法的蛋白质 - 蛋白质相互作用的大规模映射

摘要

A processing platform in one embodiment comprises one or more processing devices each including at least one processor coupled to a memory. The processing platform is configured to implement a crosslink identification and validation algorithm for processing multiple levels of mass spectrometry data in order to identify and validate protein-protein interactions within the mass spectrometry data. In conjunction with execution of the crosslink identification and validation algorithm, the processing platform is further configured to obtain mass spectrometry spectra for each of the multiple levels, to apply a header matching filter to identify at least one potential crosslink relating one or more first level spectra and one or more second level spectra utilizing a plurality of third level spectra, and to apply one or more mass validation filters to identify whether or not the potential crosslink is a valid crosslink.
机译:一个实施例中的处理平台包括一个或多个处理设备,每个处理设备包括耦合到存储器的至少一个处理器。处理平台被配置为实现交联识别和验证算法,用于处理多个水平的质谱数据,以便识别和验证质谱数据内的蛋白质 - 蛋白质相互作用。结合执行交联识别和验证算法的执行,处理平台还被配置为获得用于多个级别中的每一个的质谱谱谱,以应用报头匹配滤波器,以识别关联一个或多个第一级谱的至少一个潜在的交叉链接利用多个第三级光谱的一个或多个第二级光谱,并应用一个或多个质量验证滤波器以识别潜在的交叉链接是否是有效的交叉链接。

著录项

  • 公开/公告号US2021088531A1

    专利类型

  • 公开/公告日2021-03-25

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 CORNELL UNIVERSITY;

    申请/专利号US201917047141

  • 申请日2019-04-12

  • 分类号G01N33/68;G01N30/86;G16B40/10;G16B15;G06K9/62;G06N3/02;

  • 国家 US

  • 入库时间 2022-08-24 17:54:32

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