ERIC-PCR

摘要： 目的:通过ERIC-PCR和半定量PCR技术检测黄连对溃疡性结肠炎(UC)小鼠肠道内菌群及嗜黏蛋白益生菌(A.muciniphila)菌的变化对肠粘膜屏障的影响。方法:葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导制备UC小鼠模型,分别为空白对照组,模型组,美沙拉嗪组(65 mg/kg,tid),黄连组(0.3 g/kg,qd)。造模成功后给予相应的药物或蒸馏水,连续给药10 d。实验第18天,收集小鼠新鲜粪便,用粪便基因组DNA试剂盒提取DNA,设计用ERIC-PCR及A.muciniphila细菌基因特异性引物,用ERIC-PCR方法检测粪便中菌群多样性,半定量PCR以反映各组A.muciniphila细菌变化,病理切片HE染色检测各组肠道组织变化。结果:ERIC-PCR结果显示,与正常组相比,模型组条带数量没有明显减少,但是条带位置变化较明显,黄连组带数量明显减少,但相比美沙拉嗪组多,肠道菌群的多样性提高;半定量PCR结果显示,与正常组相比,模型组条带稍明显,美沙拉嗪组稍暗,黄连组亮度明显升高,即A.muciniphila丰度升高;病理组织切片结果显示,与正常组相比,模型组肠道组织隐窝和腺体的正常结构被破坏,观察发现大量炎性细胞浸润到黏膜层,与模型组相比,美沙拉嗪组和黄连组的黏膜损伤程度小,腺体结构破坏较轻,炎性细胞的数量和浸润深度都显著减少。结论:黄连可调节DSS诱导的UC模型小鼠肠道菌群组成,提高A.muciniphila菌群丰度,可改善UC模型小鼠炎症。

摘要： 2020年6—10月,从辽宁地区患病大菱鲆(Scophthalmus maximus)体内共分离到394株菌株。基于16S rRNA序列鉴定分离株,采用微量稀释法分析随机挑选的18株大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)对8种抗生素的敏感性,检测其耐药基因携带情况,并基于ERIC-PCR进行分型研究。结果显示,分离株以弧菌属为主,共232株(58.88%),其中大菱鲆弧菌117株(29.70%)。经rpoD序列比对确定的18株大菱鲆弧菌对硫酸新霉素、氟甲喹和盐酸多西环素不耐药,对其他5种抗菌药物有不同的耐药率,多重耐药率为66.7%。18株大菱鲆弧菌共检测到酰胺醇类耐药基因floR(61.11%)和cmlA(66.67%)、磺胺类耐药基因sul2 (55.56%)、喹诺酮类耐药基因qnrA (50%)和qnrS (5.56%) 5种耐药基因,未检测到氨基糖苷类和四环素类耐药基因。酰胺醇类耐药基因与耐药表型符合率为88.89%,有一定的相关性。磺胺类耐药基因与耐药表型符合率次之(50%),喹诺酮类符合率最低(33.33%)。ERIC-PCR将该18株大菱鲆弧菌分为4个亚型,I型(44.44%)和III型(44.44%)为主要谱型,与耐药表型或耐药基因无明显相关性。根据药敏结果,防治辽宁地区大菱鲆弧菌建议首选盐酸多西环素。

摘要： 为了解广东省肇庆市鸭疫里氏杆菌的流行和耐药现状,本试验对当地4个养鸭场疑似传染性浆膜炎的病鸭进行细菌分离纯化、PCR鉴定,并对分离菌株进行了药敏试验、耐药基因、毒力基因检测及ERIC-PCR分型试验。药敏结果表明,14株鸭疫里氏杆菌对新霉素、安普霉素、恩诺沙星、替加环素、复方新诺明高度耐药,耐药率均为100%;对阿莫西林、头孢他啶和环丙沙星敏感度较高,敏感率分别为100%、100%和92.86%。耐药基因检测结果显示,所有分离菌均携带tet(X)和floR耐药基因,tet(B)和su l1耐药基因的检出率分别为64.29%和50%,其余9种耐药基因(aac(6′)-Ⅰb、aph(3')-Ⅱ、bla_(SHV)、bla_(DHA)、qnrA、qnr B、tet(A)、tet(C)、sul2)未被检出。毒力基因检测结果显示,AS87_04050、luxE和wza毒力基因的检出率较高,分别为100%、92.86%和100%,而TbdR 1均未被检出。ERIC-PCR分型试验结果表明,14株鸭疫里氏杆菌均成功分型,相似性在90%时,可分为7个基因型。本实验为广东省肇庆市鸭疫里氏杆菌病的治疗措施提供理论依据。

摘要： 目的 观察保和丸对溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道嗜黏蛋白阿克曼氏菌(A.muc inip hi-la)变化及肠黏膜屏障的影响.方法 40只SPF级6周龄KM小鼠按随机数字表法分为空白对照组、模型组、美沙拉嗪组和保和丸组,每组10只.除空白对照组外,其余各组参照文献方法,采用3％葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导制备UC小鼠模型,空白对照组、模型组小鼠给予等体积蒸馏水灌胃,美沙拉嗪组和保和丸组小鼠分别按0.1mL/10g鼠重给药,每次给予0.2mL美沙拉嗪溶液(0.065g/kg,每天3次)和保和丸溶液(0.78g/kg,每天2次)灌胃,连续给药7天.计算小鼠疾病活动指数(DAI)评分,采用肠杆菌基因间重复共有序列(ERIC)-聚合酶链式反应(PCR)检测粪便菌群多样性,半定量PCR检测各组A.muc inip hila细菌变化,病理切片HE染色观察各组小鼠结肠组织病理.结果 药物干预前,各实验组小鼠DAI评分显著高于空白对照组(P均0.05);ERIC-PCR结果显示,与空白对照组比较,模型组条带数量无明显减少,但条带位置变化较明显,保和丸组和美沙拉嗪组带数量明显减少,肠道菌群的多样性降低;半定量PCR结果显示,与空白对照组比较,模型组条带稍明显减少,美沙拉嗪组稍暗,保和丸组亮度明显升高,即A.muc inip hila丰度升高,基因全长329bp;病理结果显示,与空白对照组比较,模型组小鼠结肠组织隐窝和腺体正常结构被破坏,发现大量炎性细胞浸润到黏膜层,与模型组比较,美沙拉嗪组和保和丸组黏膜损伤程度小,腺体结构破坏较轻,炎性细胞的数量和浸润深度都显著减少.结论 保和丸能调节DSS诱导的UC模型小鼠肠道菌群,提高A.muciniphila菌群丰度,可改善UC模型小鼠炎症.

摘要： 旨在了解奶牛养殖场环境中大肠杆菌流行情况及遗传多样性,探究不同样品分离菌株的遗传关系及系统进化分群情况,收集2017-2019年新疆某大型奶牛场养殖环境中的209份样品进行大肠杆菌分离和16S rRNA鉴定,对非重复菌株进行ERIC-PCR分型和系统进化分群试验.结果显示,共分离到338株大肠杆菌,分离率为67.46％.ERIC-PCR将其分为Ⅰ～Ⅹ Ⅳ共14型.Ⅳ(196株)型为优势型;其次为Ⅰ型(59株)、V(31株)、Ⅹ(11株);剩余41株分布于其他10种型.除2株未分群外,其他被分为6个群,B1群(75.45％)分布最多,其次是A群(18.34％)、C群(2.96％)、D或E群(1.18％)、F群(0.30％).综上表明,奶牛养殖场环境中大肠杆菌存在广泛的DNA多样性,且不同时间及来源菌株间存在较近的亲缘关系;系统进化分群以B1群为主.

摘要： 旨在了解新疆牛、羊和骆驼源产志贺毒素大肠埃希菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)的系统进化分群、血清群、毒力基因、耐药性及其遗传多样性,本研究采用PCR方法对牛、羊和骆驼源STEC进行了系统发育分群、血清群和毒力基因stx1、stx2(包括亚型)、eaeA、hlyA检测,通过K-B纸片法对分离株进行药物敏感性检测,并对其进行ERIC-PCR基因分型.结果 表明:94株非O157 STEC以B1群为主,含9个血清群,包括O146(n=14)、O22(n=7)、O3(n=4)、O168(n=4)、O8(n=3)、O167(n=2)、O88(n=1)、O112ab(n=1)和O147(n=1).毒力基因检测显示,46.8％ (44/94)仅携带stx1,6.4％ (6/94)仅携带stx2,46.8％ (44/94)同时携带stx1+stx2.羊源STEC以携带stx1+hlyA为主(68.0％);牛源STEC以携带stx1+stx2+hlyA为主(57.9％);骆驼源STEC以携带stx1+hlyA为主(25.0).stx1a主要分布于牛源STEC,stx1c主要分布于羊源STEC.14株(14.9％)为耐药菌,对头孢他啶、四环素、头孢噻肟、氨苄西林和氨曲南的耐药率为3.2％～5.3％,对复方新诺明、头孢吡肟、哌拉西林-他唑巴坦、氨苄西林-舒巴坦、阿莫西林-克拉维酸和多黏菌素B的耐药率为1.1％～2.1％.ERIC-PCR结果显示牛、羊和骆驼源STEC亲缘关系较近.牛、羊和骆驼携带多种已知血清群STEC,贮存丰富的毒力基因,存在感染人类的风险,应在屠宰加工过程中予以预防和控制.

摘要： 产志贺毒素大肠埃希菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)是一类携带了前噬菌体编码的一种或两种志贺毒素基因的新发高致病性食源性病原菌,已成为威胁人类健康的重要公共卫生问题.为了解新疆部分地区牛、羊源各个环节产志贺毒素大肠埃希菌的感染情况及其遗传多样性,以及分离株对17种常见抗生素的敏感性,笔者采用PCR方法对STEC分离株进行了4种毒力基因(stx1、stx2、eae、 hlyA)的检测和ERIC-PCR基因分型研究.结果 表明:从屠宰场、养殖场和市场共431份样品中分离出产志贺毒素的大肠埃希菌64株,其中,编码stx1+stx2的STEC有31株(48.4％),只编码stx1的STEC有29株(45.3％),只编码stx2的STEC有4株(6.3％),4种毒力基因同时存在的有1株.药物敏感性检测发现STEC菌株对麦迪霉素(61％)、头孢噻吩(4.7％)、头孢西丁(4.7％)、氨苄西林(3.1％)、哌拉西林(1.6％)、妥布霉素(1.6％)、头孢唑啉(1.6％)等7种抗生素存在耐药.ERIC-PCR检测结果呈多态性分布,分为A(36株)和B(28株)两个簇.STEC菌株在新疆部分地区牛、羊源各个环节被检出,其中一些菌株可能会增加对食物的污染,从而引起人发病.

摘要： 本研究主要目的探究传统老面中戊糖片球菌的分子特性.8株戊糖片球菌分离自中国中北部不同老面,比较它们发酵葡萄糖产酸的能力,利用脱脂乳分离培养基探究戊糖片球菌产蛋白酶的能力,使用沉淀蛋白法提取胞外分泌蛋白并进行蛋白凝胶电泳分析胞外分泌蛋白,使用Folin-酚法比较不同戊糖片球菌蛋白酶活力.结果 表明8株戊糖片球菌均有代谢葡萄糖产酸的能力,其中P.P005能力最佳,经过发酵pH值降低0.41;8株戊糖片球菌均可产生明显水解圈,均具有产蛋白酶的能力;胞外蛋白结果显示P.P002菌株和P.P008菌株分泌蛋白浓度最大,最高酶活力在1057.27～1242.56 U/mL之间,在各自最适条件下,产蛋白酶活力从大到小依次是P.P002、P.P001、P.P005、P.P006、P.P003、P.P008、P.P007、P.P004;ERIC-PCR分析亲缘关系分析显示所有的菌株的相似度都在86％以上.本研究为探究传统老面中戊糖片球菌发挥的作用奠定了分子研究的基础.

摘要： 为探讨亚成体大熊猫肠道菌群的相似性和稳定性，并寻找其季节性变化规律。对雅安碧峰峡大熊猫基地3只亚成体大熊猫在4个不同季节的粪便细菌总DNA进行ERIC-PCR(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR)指纹图谱分析，并对ERIC-PCR指纹图谱中主带DNA片段进行克隆、酶切分析和测序。结果表明：(1)同一季节小同亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较高，而不同季节同一亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较低;(2)亚成体大熊猫各季节肠道细菌的多样性差异为：春季>秋季>冬季>夏季，优势性差异为：春季<秋季<冬季<夏季;(3)主带对应的细菌最接近于大肠杆菌和柠檬酸杆菌，表明这2种细菌可能是亚成体大熊猫肠道菌种中的优势菌群。这些结果显示季节变化对亚成体大熊猫肠道菌群细菌多样性有一定的影响。

摘要： 为探讨亚成体大熊猫肠道菌群的相似性和稳定性，并寻找其季节性变化规律。对雅安碧峰峡大熊猫基地3只亚成体大熊猫在4个不同季节的粪便细菌总DNA进行ERIC-PCR(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR)指纹图谱分析，并对ERIC-PCR指纹图谱中主带DNA片段进行克隆、酶切分析和测序。结果表明：(1)同一季节小同亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较高，而不同季节同一亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较低;(2)亚成体大熊猫各季节肠道细菌的多样性差异为：春季>秋季>冬季>夏季，优势性差异为：春季<秋季<冬季<夏季;(3)主带对应的细菌最接近于大肠杆菌和柠檬酸杆菌，表明这2种细菌可能是亚成体大熊猫肠道菌种中的优势菌群。这些结果显示季节变化对亚成体大熊猫肠道菌群细菌多样性有一定的影响。

摘要： 为探讨亚成体大熊猫肠道菌群的相似性和稳定性，并寻找其季节性变化规律。对雅安碧峰峡大熊猫基地3只亚成体大熊猫在4个不同季节的粪便细菌总DNA进行ERIC-PCR(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR)指纹图谱分析，并对ERIC-PCR指纹图谱中主带DNA片段进行克隆、酶切分析和测序。结果表明：(1)同一季节小同亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较高，而不同季节同一亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较低;(2)亚成体大熊猫各季节肠道细菌的多样性差异为：春季>秋季>冬季>夏季，优势性差异为：春季<秋季<冬季<夏季;(3)主带对应的细菌最接近于大肠杆菌和柠檬酸杆菌，表明这2种细菌可能是亚成体大熊猫肠道菌种中的优势菌群。这些结果显示季节变化对亚成体大熊猫肠道菌群细菌多样性有一定的影响。

摘要： 为探讨亚成体大熊猫肠道菌群的相似性和稳定性，并寻找其季节性变化规律。对雅安碧峰峡大熊猫基地3只亚成体大熊猫在4个不同季节的粪便细菌总DNA进行ERIC-PCR(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR)指纹图谱分析，并对ERIC-PCR指纹图谱中主带DNA片段进行克隆、酶切分析和测序。结果表明：(1)同一季节小同亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较高，而不同季节同一亚成体大熊猫肠道菌群结构相似性较低;(2)亚成体大熊猫各季节肠道细菌的多样性差异为：春季>秋季>冬季>夏季，优势性差异为：春季<秋季<冬季<夏季;(3)主带对应的细菌最接近于大肠杆菌和柠檬酸杆菌，表明这2种细菌可能是亚成体大熊猫肠道菌种中的优势菌群。这些结果显示季节变化对亚成体大熊猫肠道菌群细菌多样性有一定的影响。

摘要： 从培养特性、生化特性和耐药特性等多方面研究了副猪嗜血杆菌(HPS)上海分离株的生物学特性。各分离株因生存环境差异等原因表现出不同的生化和耐药特性，分离菌株对多种药物完全耐药，并且各菌株耐药性各不同。根据16s rRNA序列设计引物建立了目的条带为821 bp的特异PCR快速检测方法，并对其产物进行测序鉴定与比对分析，结果表明所有分离株的PCR扩增产物序列比对结果与此前报道的HPS的同源性为97.3%～100%。运用ERIC-PCR扩增建立指纹图谱，通过聚类分析以确定其基因型特征，ERIC-PCR将20株菌分为Ⅰ和Ⅱ2个大类群，分离株均属于Ⅰ群A亚群。快速PCR检测方法的建立和基因型研究为上海地区HPS的监控提供了理论基础，并揭示各分离菌株具有一致的遗传进化背景与方向。

摘要： 从培养特性、生化特性和耐药特性等多方面研究了副猪嗜血杆菌(HPS)上海分离株的生物学特性。各分离株因生存环境差异等原因表现出不同的生化和耐药特性，分离菌株对多种药物完全耐药，并且各菌株耐药性各不同。根据16s rRNA序列设计引物建立了目的条带为821 bp的特异PCR快速检测方法，并对其产物进行测序鉴定与比对分析，结果表明所有分离株的PCR扩增产物序列比对结果与此前报道的HPS的同源性为97.3%～100%。运用ERIC-PCR扩增建立指纹图谱，通过聚类分析以确定其基因型特征，ERIC-PCR将20株菌分为Ⅰ和Ⅱ2个大类群，分离株均属于Ⅰ群A亚群。快速PCR检测方法的建立和基因型研究为上海地区HPS的监控提供了理论基础，并揭示各分离菌株具有一致的遗传进化背景与方向。

摘要： 从培养特性、生化特性和耐药特性等多方面研究了副猪嗜血杆菌(HPS)上海分离株的生物学特性。各分离株因生存环境差异等原因表现出不同的生化和耐药特性，分离菌株对多种药物完全耐药，并且各菌株耐药性各不同。根据16s rRNA序列设计引物建立了目的条带为821 bp的特异PCR快速检测方法，并对其产物进行测序鉴定与比对分析，结果表明所有分离株的PCR扩增产物序列比对结果与此前报道的HPS的同源性为97.3%～100%。运用ERIC-PCR扩增建立指纹图谱，通过聚类分析以确定其基因型特征，ERIC-PCR将20株菌分为Ⅰ和Ⅱ2个大类群，分离株均属于Ⅰ群A亚群。快速PCR检测方法的建立和基因型研究为上海地区HPS的监控提供了理论基础，并揭示各分离菌株具有一致的遗传进化背景与方向。

摘要： 从培养特性、生化特性和耐药特性等多方面研究了副猪嗜血杆菌(HPS)上海分离株的生物学特性。各分离株因生存环境差异等原因表现出不同的生化和耐药特性，分离菌株对多种药物完全耐药，并且各菌株耐药性各不同。根据16s rRNA序列设计引物建立了目的条带为821 bp的特异PCR快速检测方法，并对其产物进行测序鉴定与比对分析，结果表明所有分离株的PCR扩增产物序列比对结果与此前报道的HPS的同源性为97.3%～100%。运用ERIC-PCR扩增建立指纹图谱，通过聚类分析以确定其基因型特征，ERIC-PCR将20株菌分为Ⅰ和Ⅱ2个大类群，分离株均属于Ⅰ群A亚群。快速PCR检测方法的建立和基因型研究为上海地区HPS的监控提供了理论基础，并揭示各分离菌株具有一致的遗传进化背景与方向。