nested-PCR

摘要： Introduction: Chronic kidney disease (CKD) is a major cause of death in sub-Saharan Africa. The effects of the CKD on the host and the continuous therapeutic measures increase the hypothesis of blood-borne diseases transmission. Objective: This study aimed to find the frequency of occult hepatitis B virus (OBI) in patients of chronic renal failure (CRF) and to study the possibilities of infection acquisition. Methods: During 2017 and 2019, two hundred CRF patients under regular haemodialysis and attending Gezira Hospital for Renal Diseases and Surgery were recruited. Plasma specimens were collected and used for detection of hepatitis B surface antigens (HbsAg), total hepatitis B core antibodies (anti-HBc) and hepatitis B virus DNA isolation. Nested PCR reaction was followed to identify HBV. Socio-clinical data for each participant was obtained. Results: Male patients represented 64% (128/200), most frequent age group was from 41 to 60 years with percentage of 56.5% (113/200), 86% (172/200) of CRF patients were received blood while 42% (84/200) get HBV vaccination. Hepatitis B core antibodies were found in 54% (108/200) of studied cases, and 22% (42/188) of tested DNA were positively amplified for target gene. Detection of Hepatitis B core antibodies was significantly associated with marital status while absence of vaccination significantly associated with the detection of both hepatitis B core antibodies and HBV DNA. Conclusion: This study found high frequency of OBI in CRF patients, to reduce the transmission of the disease, possible hypotheses should be studied, including blood transfusion, haemodialysis process and HBV vaccination status.

摘要： Introduction: Transmission of hepatitis B virus (HBV) through the blood is a significant risk, especially in poor countries with high endemicity. Occult transmission of HBV (OBI) is an important acquisition scenario. Objective: A cross-sectional laboratory-based study followed to detect OBI in blood of accepted donors admitted to Mad Medani Blood Bank, Sudan. Methods: During the study, 200 accepted blood units were examined for HBsAg by ELISA technique and negative samples were tested for total anti-HBc antibodies using electroluminescence immunoassay (ECLIAS). HBV DNA amplification was performed for units that showed total anti-Hbc positivity. Results: Of the 200 blood units, 3 appeared positive by ELISA. Total anti-HBc antibodies were present in 34% (67/197) of blood units. HBV DNA was successfully amplified in 52.2% (35/67) of total anti-HBc positive samples. A significant association was observed between reactive total anti-HBc and age group (p Conclusion: OBI was recorded at a high rate in the blood of donors, which necessitates the implementation of detection methods to protect the recipients.

摘要： 目的 探讨Nested-PCR在布鲁氏菌病(布病)患者早期快速诊断中的可行性.方法 用Nested-PCR对布鲁氏菌标准菌株的19生物型、4个疫苗株(M5、A19、S2和104M)和有血清交叉反应的菌株(人苍白杆菌、大肠杆菌O∶157、小肠结肠炎耶尔森氏菌O∶9)进行扩增,评价该方法的特异性;用Nested-PCR对倍比稀释的16M菌株DNA(100～10-7)进行扩增,评价该方法的分析敏感性.用Nested-PCR对临床采集的200份布病样本DNA进行检测,评价该方法在临床样本检测中的可行性.结果 Nested-PCR能特异性的检出所有布鲁氏菌种,而与布鲁氏菌有血清学交叉反应的菌株和阴性对照未见扩增.试验表明该方法的分析敏感性至少为10-6(相当于43 fg/μL羊种布鲁氏菌DNA),明显高于BCSP31-PCR.该方法首轮引物的扩增阳性率为4.5％ (9/200),次轮引物扩增的阳性率为75.5％ (151/200),与血清学检测结果有较高的一致性.结论 Nested-PCR可尝试用于布病患者的早期筛查,但尚需优化改进.

摘要： 利用目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,简称SCoT)和巢式(Nested)PCR 2种分子标记技术建立"龙头凤尾"铁皮石斛DNA分子鉴别的方法,并研究其复方制剂的降血糖作用.用SCoT标记设计1对引物SC3,开发特异性检测"龙头凤尾"铁皮石斛的Nested PCR方法,建立分子鉴别质量标准;利用鉴别后的石斛制备复方胶囊,对链脲佐菌素加高脂饲料复制的胰岛素抵抗/脂代谢紊乱型糖尿病大鼠进行降血糖药效学研究,观察其对模型大鼠空腹血糖、糖耐量、血清胆固醇、胰岛素等的影响.结果显示,用设计的特异性引物SC3对其进行SCoT-Nested PCR扩增后,仅在睿绅2号中扩增出1条清晰的目标条带,而在其他铁皮石斛品种中均没有出现目标条带,从而实现特异性鉴别.其复方石斛胶囊降血糖作用的规律为:与正常对照组比较,造模组大鼠血糖水平、血糖曲线下面积、总胆固醇含量显著增加(P<0.01),血清胰岛素含量显著减少(P<0.01);与造模组比较,复方胶囊高、中剂量组大鼠血糖水平、血糖曲线下面积、总胆固醇含量显著减少(P<0.05),大鼠体质量、血清胰岛素含量显著增加(P<0.05).说明SCoT-Nested PCR分子标记可以利用1对引物SC3对"龙头凤尾"铁皮石斛睿绅2号进行特异性鉴别;其制备的复方胶囊高、中剂量组对链脲佐菌素加高脂饲料致胰岛素抵抗糖/脂代谢紊乱型模型大鼠具有一定的降血糖作用,增加胰岛素分泌,降低血清胆固醇含量.能够提高该品种石斛的质量标准,其制剂产品具有较好的降血糖作用.

摘要： 目的 对云南省2015-2016年网报疟疾病例的实验室诊断质量和影响因素进行分析.方法 收集云南省2015-2016年疟疾网报病例,使用显微镜检法和nested-PCR法对样本进行疟原虫诊断核实.计算收样率、符合率、病例就诊所需时间和血片制作评分,利用卡方检验、单因素方差分析对率或均数的差异进行统计分析,分析网报病例质量;利用单因素Lo-gistic回归对影响病例诊断质量的因素进行分析.结果 2015-2016全省疟疾网报病例的收样率为92.15％,收样覆盖全省1 5个州市.疟疾病例发病到就诊所需要的平均时间为(5.1±6.6)d.全省2015和2016年疟疾网报病例检测与省级疟疾参比诊断实验室镜检和nested-PCR检测阳性的符合率分别为97.1％,95.1％,95.1％,95.1％;虫种检测符合率分别为93.1％,92.3％,91.3％和91.3％.位于边境地区的报告单位诊断水平较高,乡镇卫生院对虫种的诊断结果较为准确,省级疟疾诊断参比实验室较其他报告单位更易检出恶性疟和间日疟的混合感染.全省各级报告单位的血涂片制作平均分为79.18±8.84,且2016年的平均得分高于201 5年.单因素Logistic回归结果表明,疟疾病例发病到就诊所需的时间,报告单位的类型及报告单位是否位于边境地区都影响疟疾病例诊断的质量.结 论2015-2016年云南省疟疾网报病例的诊断质量总体较高,各级诊断水平比较稳定.但是,在消除疟疾阶段,应该探讨以防治带动培训,以培训促进提高为目的的多种方式结合的疟疾防治手段,重视持续加强和保持各地各级疾病防治部门对疟疾的综合防治能力.

摘要： 为了解栌菊木(Nouelia insignis Franch)共生丛枝菌根真菌(Arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)的物种多样性,探明其形成乔木与丛枝菌根真菌多样性的关系,野外采集栌菊木根系及根际土壤,利用土壤湿晒法和根系透明染色镜检法,研究丛枝菌根真菌在土壤中的孢子密度及丛枝菌根真菌的侵染率,并采用形态学和分子生物学方法对分离的AMF孢子优势菌株进行鉴定.结果表明:传统形态学方法初步鉴定出栌菊木土壤中存在摩西球囊霉(Glomus mosseae)和幼套球囊霉(Claroideoglomus etunicatum)2种AM真菌;应用nested-PCR技术扩增18S rRNA中的NS31-AM1区,通过序列比对构建系统发育树A-1真菌与Glomus mosseae (DQ273793)亲缘性为97％,A-2真菌与Claroideog lomus etunicatum (AJ510231)亲缘性为99％.根据形态学与分子生物学的双重鉴定,确定侵染栌菊木根系的AM真菌是摩西球囊霉和幼套球囊霉.

摘要： nested-PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术.结合nested-PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi-ta、Pi9、Pigm为例,把nested-PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段.通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的.

摘要： 从昆明学院种植基地随机采取番茄根系样品,CTAB法提取DNA,运用巢武PCR扩增目的片段,获得产物连接转化入大肠杆菌JM109构建AMF 18S rRNA部分基因克隆文库,随机挑选50个克隆子,从中排除6个假阳性,经ARDRA分析产生了13个差异图谱,测序分析最终确定11个AMF序列.结果表明:文库的Coverage C值高达95.2％,且Rarefaction曲线亦趋于饱和;11个序列与免培养的Glomus属克隆序列相似度较高,代表了本属的不同AMF种类;其中seq1和seq9所代表的地表球囊霉Glomus versiforme和摩西球囊霉Glomus mosseae是便染番茄根系的优势AMF类型;seq3、seq10和seq11均与Glomus属免培养克隆子聚集在一起;而seq2、seq4、seq5、seq6、seq7和seq8间亲缘关系较近,共同聚集在一个分支上.

摘要： 目的 基于莱姆病螺旋体recA基因,建立一种检测鼠中莱姆病螺旋体的real-time PCR方法.方法 通过GenBank分析比较莱姆病螺旋体recA基因,选择其保守序列设计MGB探针及引物并进行方法学评估.并应用建立的real-timePCR方法和nested PCR方法对收集的123份鼠标本进行检测分析.结果 本研究建立的real-time PCR方法仅对莱姆病螺旋体检测阳性,其最小检出浓度为101 copies/μL.标准曲线各浓度点Ct值批内、批间平均变异系数(CV)分别为1.56％和2.30％.123份鼠标本中,real-time PCR检测59例阳性,nested PCR检测43例阳性.结论 新建立的real-time PCR方法具有快速、敏感和特异的优点,可用于鼠标本中莱姆病螺旋体的检测.

摘要： 目的：探明恙虫病病人皮肤焦痂内是否否有恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)DNA，病人皮肤焦痂能否作为分子生物学检测标本．方法：根据 Ot-Sta56kD外膜蛋白基因部分序列设计群、型特异引物，采用Nested PCR技术进行检测、分型．结果：4例恙虫病人皮肤焦痂提取的Ot-DNA经群引物扩增均阳性，Nested PCR基因分型的结果属于Kawasaki型．结论：恙虫病疫区病人皮肤焦痂内含有Ot-DNA，皮肤焦痂可作为检测Ot-DNA的标本，且检出率高．

摘要： 目的：探明恙虫病病人皮肤焦痂内是否否有恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)DNA，病人皮肤焦痂能否作为分子生物学检测标本．方法：根据 Ot-Sta56kD外膜蛋白基因部分序列设计群、型特异引物，采用Nested PCR技术进行检测、分型．结果：4例恙虫病人皮肤焦痂提取的Ot-DNA经群引物扩增均阳性，Nested PCR基因分型的结果属于Kawasaki型．结论：恙虫病疫区病人皮肤焦痂内含有Ot-DNA，皮肤焦痂可作为检测Ot-DNA的标本，且检出率高．

摘要： 目的：探明恙虫病病人皮肤焦痂内是否否有恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)DNA，病人皮肤焦痂能否作为分子生物学检测标本．方法：根据 Ot-Sta56kD外膜蛋白基因部分序列设计群、型特异引物，采用Nested PCR技术进行检测、分型．结果：4例恙虫病人皮肤焦痂提取的Ot-DNA经群引物扩增均阳性，Nested PCR基因分型的结果属于Kawasaki型．结论：恙虫病疫区病人皮肤焦痂内含有Ot-DNA，皮肤焦痂可作为检测Ot-DNA的标本，且检出率高．

摘要： 目的：探明恙虫病病人皮肤焦痂内是否否有恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)DNA，病人皮肤焦痂能否作为分子生物学检测标本．方法：根据 Ot-Sta56kD外膜蛋白基因部分序列设计群、型特异引物，采用Nested PCR技术进行检测、分型．结果：4例恙虫病人皮肤焦痂提取的Ot-DNA经群引物扩增均阳性，Nested PCR基因分型的结果属于Kawasaki型．结论：恙虫病疫区病人皮肤焦痂内含有Ot-DNA，皮肤焦痂可作为检测Ot-DNA的标本，且检出率高．

摘要： 应用直接ＰＣＲ和Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ技术对在北京和河北两地泡桐丛枝上采集的两种媒介昆虫茶翅蝽和小绿叶蝉带毒情况进行了检查，在二者体内均测到植原体。经ＡｌｕＩ、ＭｓｅＩ、ＲｓａＩ限制性内切酶对扩增产物进行酶解，其ＲＦＬＰ图谱显示这两种媒介昆虫所携带的植原体属ＡＹ翠菊黄化类，并且与染病泡桐中抽提的植原体的ＲＦＬＰ图谱完全一致，说明这两种媒介昆虫是泡桐丛枝病原的携带者。Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ比直接ＰＣＲ具有更高的检测灵敏度，可用于单头介体昆虫的带毒检测。

摘要： 应用直接ＰＣＲ和Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ技术对在北京和河北两地泡桐丛枝上采集的两种媒介昆虫茶翅蝽和小绿叶蝉带毒情况进行了检查，在二者体内均测到植原体。经ＡｌｕＩ、ＭｓｅＩ、ＲｓａＩ限制性内切酶对扩增产物进行酶解，其ＲＦＬＰ图谱显示这两种媒介昆虫所携带的植原体属ＡＹ翠菊黄化类，并且与染病泡桐中抽提的植原体的ＲＦＬＰ图谱完全一致，说明这两种媒介昆虫是泡桐丛枝病原的携带者。Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ比直接ＰＣＲ具有更高的检测灵敏度，可用于单头介体昆虫的带毒检测。

摘要： 应用直接ＰＣＲ和Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ技术对在北京和河北两地泡桐丛枝上采集的两种媒介昆虫茶翅蝽和小绿叶蝉带毒情况进行了检查，在二者体内均测到植原体。经ＡｌｕＩ、ＭｓｅＩ、ＲｓａＩ限制性内切酶对扩增产物进行酶解，其ＲＦＬＰ图谱显示这两种媒介昆虫所携带的植原体属ＡＹ翠菊黄化类，并且与染病泡桐中抽提的植原体的ＲＦＬＰ图谱完全一致，说明这两种媒介昆虫是泡桐丛枝病原的携带者。Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ比直接ＰＣＲ具有更高的检测灵敏度，可用于单头介体昆虫的带毒检测。