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首页> 中文会议>2015年全国鼻科年会暨第七届鼻部感染与变态反应疾病专题学术会议 >鼻腔鼻窦鳞癌长链非编码RNA表达谱的建立

鼻腔鼻窦鳞癌长链非编码RNA表达谱的建立

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目的：利用微矩阵基因芯片技术研究长链非编码RNA (IncRNA)在鼻腔鼻窦鳞癌组织和癌旁组织之间表达谱的差异,初步探讨IncRNA和鼻腔鼻窦鳞癌之间的关系.rn 方法：研究所用的病例来自北京安贞医院及北京同仁医院,时间跨度从2011年1月到2013年5月.选择了6组经2名病理学专家检查证实的鼻腔鼻窦鳞癌组织及癌旁正常组织，提取其总的RNA，然后对提取的RNA进行质量检测，对质量检测符合纳入标准的组织样本合成cDNA，完成基因芯片杂交，对杂交芯片采取Agilent Microarray Scanner软件进行扫描，然后用Feature Extraction software 10.7软件对扫描所得数据进行分析，再用Gene SpringSoftware 11.0软件对前述结果进行归一化处理，最后得到mRNA和lncRNA数据。以差异倍数>2，p<0.05作为差异基因纳入标准，获得差异的mRNAs和IncRNAs表达谱，并通过散点图和火山图对差异mRNAs和IncRNAs标示，然后再对数据进行聚类分析。随机挑选3个上调的lncRNAs和3个下调的lncRNAs在30对鼻腔鼻窦鳞癌组织和癌旁组织中进行qRT-PCR验证。综合多个数据库的资源，对芯片的结果进行生物信息学分析(Gene Ontology、Pathways分析等)，并通过计算差异表达的mRNAs和lncRNAs之间的相关系数构建lncRNA与mRNA的基因共表达网络图。rn 结果：在鼻腔鼻窦鳞癌及癌旁两组不同的组织芯片中，mRNAs和lncRNAs的表达谱有明显差异，上调的lncRNA有1174个，下调的lncRNA有1098个，上调的mRNA有821个，下调的mRNA有1103个。随机挑选的6个lncRNAs采用qRT-PCR进行验证，结果与基因芯片所筛选的结果基本吻合。GO分析发现，生物学进程方面差异表达的mRNAs主要富集在12个生物学进程中，排名前三位的是多细胞有机体发展、有丝分裂细胞周期、细胞周期；在细胞组件方面差异表达的mRNAs主要富集在12个细胞组件中，其中排名前三位的是细胞核、细胞外区、细胞质；在分子功能中，差异表达的mRNAs主要富集在12介分子功能中，其中排名前三位的是蛋白质结合、DNA结合、ATP结合。通过KEGG分析发现，差异表达的mRNA基因主要富集在12个生物学途径中，其中排名前三位的是系统性红斑狼疮、细胞周期及卵母细胞减数分裂。rn 结论：微矩阵基因芯片是一种高通量、高效率筛选鼻腔鼻窦鳞癌差异表达的lncRNA及mRNA的检测手段，IncRNA在鼻腔鼻窦鳞癌的发生发展中发挥复杂的调控作用，lncRNA可能是全新的鼻腔鼻窦鳞癌标记物和潜在的基因治疗靶点。

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