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Assembling Protein Interactions Networks from Shotgun Proteomics Datasets

机译：从霰弹枪蛋白质组学数据集组装蛋白质相互作用网络

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The analysis of protein-protein interactions is currently an important issue in bioinformatics. High-throughput techniques have been used to investigate physical binding between the constituents of protein complexes. Affinity purification followed by mass spectrometry (APMS) provides an effective approach to identify protein complexes consisting of two or more components. In APMS techniques, a protein of interest is tagged and used as baits to form complexes with other proteins in the cell. Then using the affinity tag, the protein is purified retrieving the proteins to which it binds, which many times constitute the whole complex. In many cases, data may be represented as numbers arrange in a matrix form, in which row or column corresponds to a different data set. This is the case of a proteomics output where the matrix tabulates the interaction strength between two types of proteins in a protein complex. The purifications result can be recorded in a matrix where the raw represent the proteins being pulled-down and columns represent the baits. The interaction strength between two proteins is represented by the total spectral count.
机译：蛋白质 - 蛋白质相互作用的分析目前是生物信息学中的重要问题。已经使用高通量技术来研究蛋白质复合物的成分之间的物理结合。亲和纯化，然后质谱法（APM）提供了一种有效的方法来鉴定由两个或更多个组分组成的蛋白质复合物。在APMS技术中，蛋白质被标记并用作诱饵以形成与细胞中的其他蛋白质的复合物。然后使用亲和标记，纯化蛋白质检测其结合的蛋白质，这很多次构成整个复合物。在许多情况下，数据可以表示为以矩阵形式排列的数字，其中行或列对应于不同的数据集。这是蛋白质组学输出的情况，其中基质标记蛋白质复合物中两种蛋白质之间的相互作用强度。纯化结果可以记录在矩阵中，其中RAW代表被拉出的蛋白质和列代表诱饵。两种蛋白质之间的相互作用强度由总光谱计数表示。

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