De Novo Sequencing of E.coli Lysate Using a Single Series of Fragment Ions via Chromophore Tagging and 351 nm UVPD

机译：通过发色团标签使用单一系列片段离子和351 nm UVPD使用单一系列片段离子的Novo测序

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Selective derivatization of the N-termini of tryptic peptides with a UV chromophore (AMCA) results in UVPD mass spectra that contain predominantly y ions. UVnovo combines a random forest classifier and a Hidden Markov model to simplify and interpret UVPD fragmentation spectra enabling the de novo sequencing of thousands of peptides from an E. coli lysate at high confidence. UVnovo identified 47.7% of the sequences correctly when only the top result was considered and 58.2% when the top three results are considered.

机译：用UV发色团（AMCA）的胰蛋白酶肽的N-末端的选择性衍生化导致UVPD质谱，其主要含有Y离子。 UVNOVO结合了随机森林分类器和隐藏的马尔可夫模型，简化和解释了UVPD碎片光谱，使得在高信心高度裂解物中可以从大肠杆菌裂解物中进行数千种肽。 UVNOVO在考虑最高结果时正确鉴定了47.7％的序列，并且当考虑前三个结果时58.2％。

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来源
《ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics》|2015年||共1页
会议地点
作者
Scott A. Robotham; Andrew P. Horton; Joe R. Cannon; Edward M. Marcotte; Jennifer Brodbelt;
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正文语种
中图分类 TB994.5-53;
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