ABSENT SEQUENCES: NULLOMERS AND PRIMES

机译：不存在序列：纳米液和素数

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We describe a new publicly available algorithm for identifying absent sequences, and demonstrate its use by listing the smallest oligomers not found in the human genome (human "nullomers"), and those not found in any reported genome or GenBank sequence ("primes"). These absent sequences define the maximum set of potentially lethal oligomers. They also provide a rational basis for choosing artificial DNA sequences for molecular barcodes, show promise for species identification and environmental characterization based on absence, and identify potential targets for therapeutic intervention and suicide markers.

机译：我们描述了一种用于识别不存在序列的新可用算法，并通过列出在人类基因组（人体“纳米米”）中未发现的最小寡聚体的使用，并且在任何报告的基因组或GENBANK序列（“PRIMES”）中未发现的那些使用。这些不存在序列限定了最大潜在的致死寡聚体。它们还为选择分子条形码的人工DNA序列提供合理的基础，表明基于缺失的物种鉴定和环境表征的承诺，并确定治疗干预和自杀标记的潜在靶标。

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来源
《Pacific Symposium on Biocomputing》|2007年||共12页
会议地点
作者
GREG HAMPIKIAN; TIM ANDERSEN;
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正文语种
中图分类计算机的应用;
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