AN ANALYSIS OF INFORMATION CONTENT PRESENT IN PROTEIN-DNA INTERACTIONS

机译：蛋白质-DNA相互作用中信息含量的分析

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Understanding the role proteins play in regulating DNA replication is essential to forming a complete picture of how the genome manifests itself. In this work, we examine the feasibility of predicting the residues of a protein essential to binding by analyzing protein-DNA interactions from an information theoretic perspective. Through the lens of mutual information, we explore which properties of protein sequence and structure are most useful in determining binding residues with a particular focus on sequence features. We find that the quantity of information carried in most features is small with respect to DNA-contacting residues, the bulk being provided by sequence features along with a select few structural features.

机译：了解蛋白质在调控DNA复制中所起的作用，对于完整地了解基因组如何表现自己至关重要。在这项工作中，我们从信息理论的角度分析蛋白质-DNA相互作用，从而检验预测结合必不可少的蛋白质残基的可行性。通过共同的信息，我们探索蛋白质序列和结构的哪些属性在确定结合残基时最有用，尤其着眼于序列特征。我们发现相对于DNA接触残基，大多数特征所携带的信息量很小，其中大部分是由序列特征以及少数几个结构特征提供的。

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来源
《Pacific Symposium on Biocomputing; 20080104-08; Kohala Coast,HI(US)》|2008年|P.477488|共2页
会议地点 Kohala CoastHI(US)
作者
CHRIS KAUFFMAN; GEORGE KARYPIS;
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作者单位

Department, of Computer Science, University of Minnesota 117 Pleasant St. SE Minneapolis, MN 55455, USA;

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会议组织
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类计算机的应用;生物工程学（生物技术）;
关键词

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