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【24h】

Kernel and Fast Algorithm for Dense Triplet Inconsistency

机译:密集三重态不一致的内核和快速算法

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摘要

We study the parameterized complexity of inferring su-pertrees from sets of rooted triplets, an important problem in phylo-genetics. For a set L of labels and a dense set R of triplets distinctly leaf-labeled by 3-subsets of L we seek a tree distinctly leaf-labeled by L and containing all but at most p triplets from R as homeomorphic subtree. Our results are the first polynomial kernel for this problem, with O(p2) labels, and a subexponential fixed-parameter algorithm running in time 2~O(p~(1/3)log p)+O(n~4).
机译:我们研究了从有根的三胞胎的集合推断超树的参数化复杂性,这是系统遗传学中的一个重要问题。对于一组L的标签和一组由L的3个子集明显标记为叶子的三胞胎的密集组R,我们寻求一棵由L明显标记为叶子的树,该树包含来自R的所有(最多p个)三胞胎为同胚亚树。我们的结果是针对此问题的第一个多项式内核,带有O(p2)标签,以及次指数固定参数算法在2〜O(p〜(1/3)log p)+ O(n〜4)的时间运行。

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