深海弯曲菌(Thalassolituus spp.)低温烷烃降解机制的研究及其在海洋环境中多样性分析

声明

摘要

1．前言

1．1 海洋石油污染的现状与危害

1．2 低温海洋环境中石油降解菌研究现状

1．3 深海弯曲菌Thalassolituus的研究概况

1．4 课题研究意义和内容

2．材料和方法

2．1 材料

2．1．1 样品及菌株来源

2．1．2 菌株与载体

2．1．3 主要试剂和药品

2．1．4 主要仪器

2．1．5 常用培养基和溶液

2．1．6 分析软件

2．2 基本实验方法

2．2．1 细菌单菌DNA的提取

2．2．2 菌群DNA的提取

2．2．3 PCR反应体系

2．2．4 PCR扩增程序

2．2．5 菌落PCR

2．2．6 PCR产物纯化

2．2．7 变性梯度凝胶电泳(DGGE)

2．2．8 DGGE条带回收、分析

2．2．9 TA克隆

2．3 烷烃降解理化性质的研究方法

2．3．1 Thalassolituus属菌株分离

2．3．2 透射电镜(TEM)细胞形态观察

2．3．3 生长曲线测定

2．3．4 表面张力测定

2．3．5 细胞表面疏水性测定

2．3．6 细胞脂肪酸测定

2．3．7 碳源利用范围测定

2．3．8 石油烃利用范围测定

2．3．9 深海弯曲菌与其它菌群和单菌的竞争性培养实验

2．4 R6-15烷烃降解基因分析

2．4．1 基因组测序方法

2．4．2 烃降解和冷适应相关基因分析方法

2．5 深海弯曲菌可培养菌株分离

2．5．1 样品富集

2．5．2 降解单菌分离

3．结果与讨论

3．1 深海弯曲菌的烷烃降解特性

3．1．1 深海弯曲菌的分离

3．1．2 透射电镜观察

3．1．3 生长曲线测定

3．1．4 表面张力测定

3．1．5 细胞表面疏水性测定

3．1．6 脂肪酸测定

3．1．7 碳源利用范围测定

3．1．8 石油烃利用范围测定

3．1．9 深海弯曲菌与其它菌群和单菌的竞争性培养

3．2 深海弯曲菌R6-15全基因组测序分析

3．2．1 基因组测序概况及统计

3．2．2 烷烃降解及冷适应相关基因分析

3．3 深海弯曲菌可培养菌分离及多样性分析

3．3．1 西太平洋衰层海水中可培养石油烃降解菌分离

3．3．2 厦门近海表层海水中可培养石油烃降解菌分离

3．4 讨论

3．4．1 深海弯曲菌的分离培养及多样性分析

3．4．2 深海弯曲菌低温下烃类降解机制

3．4．3 深海弯曲菌低温下占优势的原因

4．小结与展望

4．1 小结

4．2 展望

参考文献

致谢

附录