有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略——逐次修正基因组法

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目录

第一章 引言

1.1 微生物蛋白质组研究现状

1.2 生物质谱对于蛋白质组研究的意义

1.3 高通量测序的应用与发展

1.4 非模式物种的基因组、蛋白质组研究策略

1.5 新策略、新方法

第二章 材料及方法：

2.1 实验材料

2.2 实验试剂

2.3 实验仪器

2.4 物种鉴定

2.5 估算基因组大小

2.6 全基因组测序

2.7 逐次mapping与基因组修正

2.5 细胞培养和蛋白质的提取

2.6 单向SDS-PAGE分离蛋白质和胶内酶解

2.7 LC-MS/MS分析

2.8 肽段的数据库检索和蛋白质鉴定

第三章 结果

3.1 策略

3.2 物种鉴定结果与基因组大小的测定

3.3 DNA文库的构建

3.4 利用二代测序数据（NGS）逐次修正基因组

3.5 基因组修正的实验验证

3.6 肽段与蛋白鉴定率的提高

3.7鉴定含有氨基酸突变位点（SAV）的肽段

第四章 讨论

4.1 新策略有助于促进非模式生物蛋白质组的研究

4.2 精确、高效、稳定的算法（FANSe）是基因组修正准确性的保障

4.3 逐次mapping的基因组修正策略对于高变异度物种基因组修正的意义

4.4 新策略在基因组、转录组研究方面的应用

4.5 新策略的不足与改进方法

参考文献

附录

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