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新型1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶衍生物作为BRAFV600E和VEGFR-2双重抑制剂的设计、合成、生物活性评价及分子模拟研究

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目录

摘要

1.1 研究背景

1.2 酪氨酸激酶研究概述

1.2.1 BRAF研究概述

1.2.2 VEGFR-2研究概述

1.2.3 BRAFV600E/VEGFR-2双靶点抑制剂的研究进展

1.3 研究思路

第二章 BRAFV600E/VEGFR-2双重抑制剂的设计、合成

2.1 1 1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶类化合物的设计

2.2 1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶类化合物的合成路线

2.3 实验部分

2.3.1 试剂与仪器

2.3.2 5-[(1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶基)-4-氧基]-1H-苯并[d]咪唑化合物的合成

2.3.3 5-[(1-甲基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶基)-4-氧基]-苯并[d]噁唑化合物的合成

第三章 目标化合物生物活性评价

3.1 实验部分

3.1.1 材料、试剂与仪器

3.1.2 目标化合物对激酶抑制活性的测定

3.1.3 目标化合物抗细胞增殖活性的测定

3.2 实验结果与分析

3.2.1 目标化合物对BRAFV600E和VEGFR-2激酶活性的评价

3.2.2 目标化合物抗细胞增殖活性的评价

3.2.3 化合物8u激酶选择性测试

3.3 初步构效关系总结

第四章 化合物8u对细胞迁移和细胞周期分布的影响

4.1 实验部分

4.1.1 主要实验材料

4.1.2 主要仪器

4.1.3 实验方法

4.2 实验结果与分析

4.2.1 化合物8u对细胞迁移的影响

4.2.2 化合物8u对细胞周期分布的影响

第五章 化合物8u与蛋白复合物的分子动力学模拟

5.1 实验部分

5.1.1 实验材料和仪器

5.1.2 分子对接

5.1.3 分子动力学模拟

5.2 实验结果与分析

5.2.1 分子动力学模拟的稳定性

5.2.2 氢键分析

5.2.3 MM-PBSA和MM-GBSA结合自由能计算

讨论

结论

参考文献

缩写词列表

附图

成果

致谢

声明

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摘要

促分裂素原活化蛋白激酶由RAS/RAF/MEK/ERK组成,是细胞内最重要的信号通路之一。BRAF是RAF三个亚型之一,在3个亚型中突变频率最高。突变的BRAF使下游信号通路持续异常激活,这对肿瘤的生长、增殖、侵袭和转移至关重要。VEGFR-2对肿瘤血管生成起重要作用,其通过激活VEGF将信号传导至下游,导致血管生成,促进肿瘤细胞增殖和迁移。相关研究表明,BRAFV600E和VEGFR-2在肿瘤的发生发展过程中具有协同作用。
  基于Sorafenib和VEGFR-2激酶晶体复合物结构与我们之前的研究,本文以1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶环为母核设计、合成系列新的化合物,评价化合物的激酶抑制活性、体外细胞活性,为发现活性更高、结构更新颖的BRAEV600E和VEGFR-2双重抑制剂提供实验依据。
  主要研究工作和结果:
  1.基于我们之前的研究,对化合物1进一步优化。我们保留了1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶环作为母核,将化合物1结构中的脲基变成咪唑或噁唑环而得到新化合物,我们希望化合物能提高BRAFV600E和VEGFR-2激酶活性。
  2.主要设计了2个系列化合物的合成路线。以4,6-二氯-5-嘧啶甲醛为原料,经环化、1-NH烷基化、4-苯氧基取代、水合肼还原、芳基异硫氰酸酯缩合等反应合成1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶衍生物(7-11),共40个目标化合物。
  3.激酶活性测试结果显示,在化合物浓度为1μM条件下,有6个化合物对BRAFV600E和VEGFR-2都显示出了较强的抑制效果(抑制率>80%),其中8u对BRAFV600E和VEGFR-2激酶IC50值分别为171.5nM和77.9nM,活性稍弱于阳性对照药Sorafenib。细胞抗增殖实验显示大部分化合物对A375、HT-29和HUVEC细胞株有很强的抑制作用。
  4.我们总结出初步构效关系:(1)母核1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶环的NH烷基取代中以甲基为活性最好。(2)苯并噁唑环的活性弱于苯并咪唑环,甲基取代的苯并咪唑环的活性最高。(3)在末端苯环与氨基咪唑之间,碳链的增加使活性降低。(4)末端苯环的对位取代基优于邻位和间位取代。
  5.化合物8u的激酶选择性测试结果表明,化合物仅对CRAF(抑制率=87.6%)有较好的抑制活性,而对野生型BRAF及其它15种激酶有较弱的抑制作用(抑制率<60%)。这表明化合物8u是一个具有选择性的BRAFV600E/VEGFR-2双重抑制剂。
  6.细胞迁移实验表明,8u能显著抑制A375和HUVEC细胞的迁移能力,且呈浓度依赖性。细胞周期分析结果显示,8u可诱导A375和HUVEC细胞都阻滞在G0/G1期。
  7.对8u与BRAFV600E和VEGFR-2复合物体系进行了分子动力学模拟和结合自由能分析。8u与BRAFV600E和VEGFR-2的结合自由能都为负值,说明化合物8u都能与它们存在较强的相互作用。能量项的分解表表明范德华力、静电作用和非极性溶剂化对8u与BRAFV600E和VEGFR-2的结合都是有利的,而极性溶剂化能是不利于结合的。

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