野生东北虎、豹肠道寄生虫及肠道微生物区系特征比较的研究

1绪论

1.1引言

1.2寄生虫病的简介

1.2.1线虫的特点

1.2.2绦虫的特点

1.2.3吸虫的特点

1.2.4原虫的特点

1.3肠道微生物与寄生虫相互关系的简介

1.3.1分子测序技术的发展

1.3.2肠道微生物与寄生虫关系的研究

1.4研究目的与意义

2野生东北虎、东北豹粪便寄生虫的研究

2.1试验材料

2.1.1试验试剂

2.1.2主要仪器

2.1.3试验样品

2.2寄生虫形态学及分子鉴定试验方法

2.2.1虫卵的形态学观察

2.2.2虫卵核酸的提取

2.2.3 PCR反应及条件

2.2.4胶回收

2.2.5感受态细胞的制备

2.2.6 18S、ITS-1和5.8S基因与pMD-18T载体的连接

2.2.7连接产物的转化

2.3试验结果

2.3.1野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵种类统计与形态学观察

2.3.2野生东北虎粪便中寄生虫PCR反应结果

2.3.3野生东北虎粪便中寄生虫的测序结果

2.3.4基于部分18S、ITS-1及5.8S序列的同源性比较及进化分析

2.3.5野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵的平均感染强度及感染率

2.3.6讨论

3野生东北虎、豹肠道寄生虫与肠道微生物区系特征研究

3.1试验材料

3.2肠道微生物样品的预处理

3.2.1核酸的提取

3.2.2 PCR 扩增

3.2.3 DNA 纯化回收

3.2.4定量混合

3.3数据的统计和分析方法

3.3.1测序数据预处理

3.3.2数据优化统计

3.3.3去除嵌合体及靶区域外序列

3.3.4操作分类单元(OTU)分类

3.3.5赋予物种分类单元

3.3.6主成分分析PCA

3.3.7非度量多维尺度分析NMDS

3.3.8 UniFrac分析

3.3.9基于UniFrac的heatmap图

3.3.10相似性分析 (Anosim)

3.4试验结果

3.4.1测序基本数据分析

3.4.2 OTU丰度等基本信息分析

3.4.3 Alpha 多样性分析

3.4.4细菌组成分析

3.4.5 Beta多样性分析

3.4.6 讨论

结论

参考文献

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

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