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成人腹泻粪便样品中A组轮状病毒全基因分析

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第一章 文献综述

1 轮状病毒的结构及特征

2 轮状病毒蛋白及功能

2.1 病毒的核心蛋白

2.2 病毒主要的结构蛋白

2.3 病毒的非结构蛋白

3 轮状病毒的致病机理

4 A组轮状病毒的易感人群

5 轮状病毒主要流行血清型

6 轮状病毒的新分型系统

第二章 A组轮状病毒毒株CC0912-1分离培养及全基因分析

1 材料与方法

1.1 标本

1.2 细胞

1.3 A群轮状病毒体诊断试剂盒检测

1.4 CC0912-1分离与增殖

1.5 CC0912-1核酸提取

1.6 CC0912-1核酸PAGE检测

1.7 CC0912-1基因RT-PCR扩增引物

1.8 CC0912-1基因RT-PCR扩增

1.9 RT-PCR产物的纯化

1.10 CC0912-1全基因克隆及测序

1.11 CC0912-1全基因分析

2 结果

2.1 A群轮状病毒体诊断试剂盒检测

2.2 CC0912-1感染MAl04细胞

2.3 CC0912-1核酸PAGE检测

2.4 CC0912-1基因RT-PCR扩增,酶切及PCR鉴定

2.5 CC0912-1全基因系统发生分析

3 讨论

第三章 A组轮状病毒毒株CC0912-2部分基因分析

1 材料与方法

1.1 样品

1.2 样品的处理

1.3 轮状病毒核酸提取

1.4 轮状病毒核酸PAGE检测

1.5 粪便样品中病毒基因RT-PCR扩增

1.6 RT-PCR产物的纯化

1.7 粪便样品中病毒基因克隆及测序

1.8 CC0912-2部分基因序列分析

2 结果

2.1 轮状病毒PAGE检测

2.2 粪便样品中病毒基因vp7、nsp1和nsp3的RT-PCR扩增

2.3 双酶切鉴定基因vp7、nsp1和nsp3的阳性克隆

2.4 CC0912-2基因vp7、nsp1和nsp3的系统发生分析

3 讨论

参考文献

附录

在校期间发表的和待发的论文、科研成果等

致谢

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摘要

A组轮状病毒(呼肠孤病毒科)是全世界范围内引起五岁以下婴幼儿腹泻的最主要病原。其基因组由十一个分节段的dsRNA组成,分别编码6个结构蛋白(VP1-VP4,VP6和VP7)和6个非结构蛋白(NSP1-NSP6)。结构蛋白VP4和VP7被广泛的用于A组轮状病毒的分型,目前己发现24个G基因型和33个P基因型。近来,建立了一种基于A组轮状病毒全部基因节段的新型分型系统,这种新型系统能更准确的分析轮状病毒之间的亲缘关系,研究轮状病毒的进化。
   本文主要对从武汉市一成人腹泻粪便样品中的两株A组轮状病毒基因测序并进行系统发生分析,具体内容包括:第一章:文献综述概述轮状病毒结构,基因组构成及蛋白的主要功能、病毒致病机理、A组轮状病毒易感染人群、主要流行血清型及新分型系统。第二章:A组轮状病毒毒株CC0912-1分离培养及全基因分析A群轮状病毒诊断试剂盒检测武汉市一成人腹泻粪便样品,结果呈阳性。粪便样品接种于MA104细胞,出现典型轮状病毒CPE,分离并增殖培养此毒株。病毒液中病毒核酸经PAGE检测呈4/2/3/2带型。提取CC0912-1双链RNA并进行RT-PCR扩增,全基因组克隆并测序,基于此毒株十一个基因完整开放阅读框序列的系统发生分析表明其完整基因型为G10-P[15]-110-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3。第三章:A组轮状病毒毒株CC0912-2部分基因分析比较成人腹泻粪便样品和毒株CC0912-1的PAGE带型,两者存在差异,直接从成人腹泻粪便样品中提取病毒核酸,克隆基因vp7,nsp1和nsp3并测序,系统发生分析表明成人腹泻粪便样品中存在另外一株G2型A组人轮状病毒CC0912-2。

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