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高特异性碳纳米生物传感器快速检测沙门氏菌的研究

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目录

摘要

1.引言和文献综

1.1 沙门氏菌

1.1.1 沙门氏菌的介绍

1.1.2 沙门氏菌的致病机理

1.2 沙门氏菌的检测方法的研究现状及进展

1.2.1 传统的检测方法

1.2.2 以免疫学为基础的检测技术

1.2.3 以分子生物学为基础的检测技术

1.2.4 以生物传感器为基础的检测方法

1.3 核酸适配体(aptamer)

1.3.1 适配体的体外筛选

1.3.2 适配体与靶标分子的结合原理

1.3.3 适配体的优势

1.3.4 适配体的应用

1.4 碳纳米材料及其功能简介

1.4.1 碳纳米管

1.4.2 石墨烯

1.5 细菌生物膜

1.5.1 细菌生物膜的组成及特点

1.5.2 细菌生物膜的形成过程

1.5.3 细菌生物膜的致病机制

1.5.4 细菌生物膜的治疗现状

1.6 本课题的研究内容

2.基于碳纳米管的二次猝灭效应检测含有SSeC基因的鼠伤寒沙门氏菌的研究

2.1 引言

2.2 实验部分

2.2.1 实验仪器与材料

2.2.2 实验溶液及培养基配置

2.2.3 实验方法

2.3 结果与讨论

2.3.1 分子信标与碳纳米管羧基的最佳比例及复合物表征

2.3.2 碳纳米管的二次猝灭效应

2.3.3 靶标DNA检测及错配实验

2.3.4 鼠伤寒沙门氏菌样品的灵敏性和特异性检测

2.4 小结

3.基于碳纳米管和核酸适配体技术对甲型副伤寒沙门氏菌的双重信号检测研究

3.1 引言

3.2 实验部分

3.2.1 实验仪器与材料

3.2.2 实验中所用的主要试剂

3.2.3 实验方法

3.3 实验结果与讨论

3.3.1 鞭毛蛋白Native-PAGE和SDS-PAGE结果

3.3.2 BSA与吸光度的标准曲线

3.3.3 鞭毛蛋白的SELEX筛选

3.3.4 克隆测序结果、结构分析及亲和力测试

3.3.5 适配体定量检测甲型副伤寒沙门氏菌

3.3.6 适配体对甲型副伤寒的特异性检测结果

3.3.7 激光共聚焦显微镜细胞成像分析和鉴定

3.3.8 P0与SWNTs最佳结合比例的探究结果与分析

3.3.9 鞭毛蛋白和牛奶中甲型副伤寒菌体的定量检测

3.3.10 鞭毛蛋白和牛奶中甲型副伤寒菌体的特异性检测

3.4 小结

4.基于氧化石墨烯与非标记性探针自组装生物传感器对三磷酸腺苷(ATP)的检测

4.1 引言

4.2 实验部分

4.2.1 实验仪器与材料

4.2.2 实验溶液及培养基配置

4.2.3 实验方法

4.3 实验结果与讨论

4.3.1 体系的设计及机制研究

4.3.2 氧化石墨烯的最佳浓度

4.3.3 酶切保护实验结果与分析

4.3.4 体系灵敏性检测结果

4.3.5 体系特异性检测结果

4.3.6 猪霍乱沙门氏菌中ATP的检测结果

4.4 小结

5.适配体控制猪霍乱沙门氏菌菌膜形成的研究

5.1 引言

5.2 实验部分

5.2.1 实验仪器与材料

5.2.2 实验中所用的主要试剂

5.2.3 实验方法

5.3 结果与讨论

5.3.1 猪霍乱沙门氏菌菌体的SELEX筛选

5.3.2 适配体结构分析及亲和力测试

5.3.3 适配体3对靶标的灵敏性鉴定结果

5.3.4 适配体3对靶标的特异性鉴定结果

5.3.5 表面标记分子垂钓结果

5.3.6 适配体对菌膜的控制实验结果

5.3.7 菌膜形成的显微镜观察结果

5.3.8 适配体对抗生素的协同作用结果

5.4 小结

6.结论与展望

6.1 实验结论

6.2 实验展望

参考文献

攻读博士学位期间撰写、发表的学术论文

致谢

附录

声明

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摘要

食源性病原菌是当今世界最为普遍的问题之一。微生物食品中毒可以由细菌、病毒、真菌以及原生生物引起,其中绝大部分的细菌性感染都是由沙门氏菌引起的。目前,由沙门氏菌所引发的禽蛋肉产品的污染以及食物中毒事件已成为制约国民经济发展、危害人类健康的严重食品安全问题。随着人们对食品安全问题关注度的不断增长,对发展快速、准确、灵敏、高效的食品安全检测技术提出了更高的要求。然而目前的传统检测方法存在耗时耗力、价格昂贵、操作繁琐、灵敏度不高、特异性不强等局限性,已不能满足沙门氏菌快速检测技术发展的新要求。因此,建立一种简单、高效、快速、灵敏的检测手段来监控沙门氏菌就显得尤为重要。碳纳米管基于其独特的化学、电学、光学、力学性质在生物传感器以及药物传递等方面有着非常广泛的应用前景。尤其是近些年来,碳纳米管作为一种广谱性的荧光猝灭剂已经越来越受到人们的关注,成为最具发展前景的纳米材料之一。本论文在对碳纳米管性质研究的基础上,结合分子探针构建了基于生物功能化的碳纳米管生物传感器对沙门氏菌进行检测;此外,一种类似于碳纳米管的碳材料—石墨烯也被应用于检测沙门氏菌中ATP的含量。结果显示,所构建的传感器具有灵敏度高、特异性强、稳定性好等优势。最后,鉴于沙门氏菌形成生物菌膜后难以清除和难以治疗的现状,本论文筛选出一种抑制型适配体用以控制沙门氏菌菌膜形成,从而拓展了适配体的应用范围。基于以上情况,具体研究内容如下:
  (1)检测含毒力岛SSeC基因的鼠伤寒沙门氏菌。利用碳纳米管作为载体和荧光猝灭剂,分子信标作为识别元件,建立了一种全新的快速检测含毒力岛SSeC基因的鼠伤寒沙门氏菌的方法。在本检测方法中,羧基修饰的碳纳米管与一端氨基修饰的分子信标在EDC/NHS的作用下脱水结合形成生物功能化的碳纳米管。在没有靶标的情况下,由于DNA与碳纳米管的双重猝灭效应,荧光分子柔红霉素发生荧光猝灭;当加入靶标后,由于靶标与环状结构结合导致分子信标结构崩解,插入茎状结构中的柔红霉素释放出来,使得荧光值增强。而加入错配碱基序列,柔红霉素荧光值增强的信噪比远低于靶标。实验结果表明,通过检测柔红霉素荧光值的增强可以对含有SSeC基因的鼠伤寒沙门氏菌进行定量检测,而且此方法具有较高的灵敏性和特异性。在本检测体系中,靶标的浓度与柔红霉素荧光值的增强在0.2-0.7μM的范围内呈良好的线性关系,并且目标DNA的检测下限为50nM。
  (2)检测甲型副伤寒沙门氏菌的研究。通过酸水解法提取甲型副伤寒的鞭毛蛋白,并以其为靶标分子,经过14轮的SELEX筛选,筛选出能够高亲和性、高特异性结合鞭毛蛋白的适配体群。利用DNAMAN软件分析其一级结构的相似性并进行二级结构的预测,根据二级结构的相似性以及一级结构的重复性,将所选的适配体分为4个家族。从4个家族中各挑选出1条适配体并对其进行亲和力测试,通过比较Kd值,最终筛选出一条最佳的适配体。将该适配体截去部分引物序列并修饰上FITC,同时在另一端结合上一段DNA酶序列,并将该探针非共价结合到碳纳米管上,从而设计出一条能够通过双重信号检测甲型副伤寒沙门氏菌的功能化核酸探针。实验结果表明,通过检测荧光值的增加以及吸光度的增加可以对牛奶样品中的甲型副伤寒沙门氏菌进行定量检测,在本检测体系中,用荧光信号以及吸光度所测出的最低检测下限分别为105CFU/mL和106CFU/mL。该方法同时利用两种信号来检测靶标物质,极大的提高了检测的准确性和可靠性,降低了假阳性信号产生的可能性。这一检测方法不仅可以用于检测甲型副伤寒沙门氏菌,也为其它细菌以及其它物质的快速检测提供了一种新的思路。
  (3)基于氧化石墨烯的非标记性荧光适配体传感器快速检测ATP的研究。实验首先证明了该方法的可行性,结果表明,在只加入信号探针互补链的情况下,荧光信号并不会增强;只有在同时加入信号探针互补链和ATP的条件下荧光信号才会增强。由此证明,荧光信号的增强只与加入ATP的多少有关,因此该体系可以用来定量检测ATP。由检测结果可知,当ATP的浓度从1nM到800nM变化,对应的荧光强度随浓度的增加而增加,其检测下限可达1nM,而且F/F0在10nM到700nM之间呈良好的线性关系。体系还对检测ATP的特异性作出了探讨,将ATP的类似物UTP、GTP、CTP作为对照,由检测结果可知该适配体传感器对ATP分子的检测具有很强的特异性。相比于其它传统的检测方法,该分子识别技术对ATP的检测,不仅灵敏度高,特异性强,而且操作简单,成本低廉,稳定性好,为其它检测方法的开发和利用打下了坚实的基础。
  (4)适配体控制细菌菌膜形成的研究。以猪霍乱沙门氏菌为靶标,经过14轮的SELEX筛选,筛选出能够特异性识别猪霍乱沙门氏菌的适配体群,并在第十轮和第十一轮分别用甲型副伤寒沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌进行反筛,以提高筛选的特异性。经亲和力检测后,确定一条最佳的适配体,将该适配体生物素修饰后并结合链酶亲和素修饰磁珠用以垂钓猪霍乱沙门氏菌表面标记分子。经质谱鉴定后,该适配体特异性结合的靶标为鞭毛蛋白。由鞭毛介导的趋向运动和起始粘附在早期细菌生物膜的形成中至关重要,基于以上事实,本研究开发出能抑制鞭毛运动进而控制细菌生物膜形成的功能化适配体。实验结果表明,经抑制性实验、荧光倒置显微镜和原子力显微镜观察,该适配体能很好的抑制早期生物菌膜的形成,更重要的是,它能提高抗生素清除生物菌膜的效率。因此,该方法不仅拓展了适配体应用的范围,而且在减少抗生素的使用,降低耐药性菌株产生方面也有着重要的意义。

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