长非编码RNA特异性转录因子绑定位点的预测方法研究

摘要

第一章 绪论

1．1 研究背景

1．2 lncRNA基因的转录调控研究现状

1．2．1 lncRNA基因的转录调控

1．2．2 lncRNA转录调控的研究方法

1．3 主要内容和贡献‘

1．4 章节安排

第二章 TFBS预测方法

2．1 引言

2．2 TFBS的表示方法

2．2．1 一致性序列

2．2．2 位置权重矩阵

2．3 传统的TFBS预测算法

2．3．1 基于字符的枚举算法

2．3．2 概率序列模型算法

2．3．3 基于系统发育足迹的算法

2．3．4 基于ChIP-seq的基序预测算法

2．4 统计评价

2．5 本草小结

第三章 TFBS模型数据库

3．1 引言

3．2 JASPAR

3．3 TRANSFAC

3．4 ChIPBase

3．5 本章小结

第四章 LncRNATFBS的预测分析

4．1 引言

4．1．1 系统框架

4．1．2 方法流程

4．2．1 搜索TSS-peak对

4．2．2 在PCT和LNCT峰上的motif发现

4．3 PscanChIP模块

4．4 MEME算法介绍

4．4．1 期望最大化(EM)

4．2．2 MEME的模型

4．4．3 MEME算法的伪代码

4．5 本章小结

第五章 lncRNA转录因子绑定位点实验结果分析

5．1 引言

5．2 输入文件的基本统计信息

5．3 TSS-peak对的统计

5．4 15个转录因子的motif

5．5 本章小结

第六章 总结与展望

6．1 总结

6．2 展望

参考文献

致谢

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