利用Hi-C技术高通量筛选介导染色质相互作用的lncRNAs

前言

1 染色质相互作用常用研究方法与进展

2 lncRNA介导染色质相互作用的研究进展

3 本课题的研究内容和技术路线

第一章 两组Hi-C文库的构建

1.1 材料

1.1.1 试剂

1.1.2 主要溶液的配置

1.1.3 仪器

1.2 方法

1.2.1 实验准备

1.2.2 细胞培养

1.2.3 Hi-C文库的构建

1.3 结果与讨论

1.3.1 酶切与连接的质控及结果

1.3.2 超声效果与片段的选择性回收

1.3.3 初始文库的DNA总量分析

1.3.4 初始文库扩增质控及扩增结果讨论

1.3.5 RNase处理后样品内RNA含量的检测

1.3.6 小结

第二章 Hi-C文库的质量控制

2.1 材料

2.1.1 试剂

2.1.2 仪器

2.1.3 主要工作溶液配制

2.2 方法

2.2.1 文库的克隆

2.2.2 菌液PCR鉴定阳性克隆

2.2.3 Sanger测序

2.3 结果与讨论

2.3.1 菌液PCR产物电泳结果及分析

2.3.2 Sanger测序数据的分析及结果

2.3.3 讨论

第三章 高通量测序数据的生物信息学分析

3.1 方法

3.1.1 比对与作图

3.1.2 生物学重复的皮尔森相关分析

3.1.3 正常组与处理组的扣减

3.1.4 差异文库1和2的皮尔森相关性分析

3.1.5 将差异文库1和2的共有部分与lncRNA编码基因数据库做overlap

3.1.6 筛选结果的初步分析

3.2 结果与分析

3.2.1 四组文库经Hi-C Pro分析的质检结果与分析

3.2.2 染色体内相互作用热图

3.2.3 两组生物学重复文库的皮尔森相关分析结果

3.2.4 正常组与RNase处理组的扣减结果

3.2.5 差异文库1和2的皮尔森相关性分析结果

3.2.6 差异文库1和2的共有部分与lncRNA编码基因库做overlap的结果

3.3 讨论

第四章 结论

参考文献

附录

附录一 缩略词表

附录二 引物序列

致谢

攻读硕士学位期间发表的学术论文