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R Tutorial: Detection of Differentially Interacting Chromatin Regions From Multiple Hi-C Datasets

机译：R教程：检测多个Hi-C数据集的差异相互作用的染色质区

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The three-dimensional (3D) interactions of chromatin regulate cell-type-specific gene expression, recombination, X-chromosome inactivation, and many other genomic processes. High-throughput chromatin conformation capture (Hi-C) technologies capture the structure of the chromatin on a global scale by measuring all-vs.-all interactions and can provide new insights into genomic regulation. The workflow presented here describes how to analyze and interpret a comparative Hi-C experiment. We describe the process of obtaining Hi-C data from public repositories and give suggestions for pre-processing pipelines for users who intend to analyze their own raw data. We then describe the data normalization and comparative analysis process. We present three protocols describing the use of the multiHiCcompare, diffHic, and FIND R packages, respectively, to perform a comparative analysis of Hi-C experiments. Finally, visualization of the results and downstream interpretation of the differentially interacting regions are discussed. The bulk of this tutorial uses the R programming environment, and the processes described can be performed with most operating systems and a single computer.
机译：染色质调节细胞型特异性基因表达，重组，X-染色体灭活以及许多其他基因组过程的三维（3D）相互作用。高通量染色质构象捕获（HI-C）技术通过测量全与所有相互作用来捕获全球范围内染色质的结构，并可以为基因组调节提供新的见解。此处提出的工作流程描述了如何分析和解释比较Hi-C实验。我们描述了从公共存储库获取Hi-C数据的过程，并为打算分析自己的原始数据的用户提供预处理管道的建议。然后，我们描述了数据标准化和比较分析过程。我们提出了三种描述，描述了使用多内容，Diffhic，并找到R包的使用，对Hi-C实验进行比较分析。最后，讨论了差异相互作用区域的结果和下游解释的可视化。本教程的大部分使用R编程环境，并且可以使用大多数操作系统和单台计算机执行所描述的进程。

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