声明
缩略词表
摘要
第一章 前言
1．1 论文研究背景
1．1．1 研究意义
1．1．2 国内外研究现状
1．1．3 课题的独创性
1．2 技术路线
1．3 论文组织结构
第二章 CTCF的识别与注释
2．1 研究背景
2．2 全基因组识别CTCF结合位点
2．2．1 CTCF结合位点的分类
2．2．2 CTCF结合位点的饱和性分析
2．2．3 CTCF结合位点与基因密度
2．2．4 CTCF结合位点的位置分布
2．2．5 CTCF结合位点呈簇出现
2．3 CTCF结合位点的进化和功能
2．3．1 CTCF结合位点的保守性分析
2．3．2 CTCF结合位点GC含量分析
2．3．3 CTCF结合位点与基因表达的相关性
2．3．4 CTCF结合位点的GO功能富集分析
2．3．5 CTCF结合位点模体分析
2．4 CTCF结合位点的染色质特征
2．4．1 CTCF结合位点周围核小体信号
2．4．2 CTCF结合位点周围的染色质开放区
2．4．3 CTCF结合位点周围的组蛋白修饰情况
2．4．4 CTCF结合位点DNA甲基化水平
2．4．5 共定位分析
2．5 CTCF分割染色质域的功能
2．5．1 识别染色质域
2．5．2 CTCF在染色质边界富集
2．5．3 边界CTCF是细胞系特异的
2．5．4 染色质域在CTCF环中间
2．6 CTCF在DNA复制中行使功能
2．6．1 识别复制时间域
2．6．2 CTCF在复制域中富集情况
2．6．3 CTCF与复制时间的相关性
2．6．4 复制域中的CTCF结合位点具有细胞特异性
2．7 总结与讨论
2．7．1 CTCF结合位点独特的分布在人类基因组上
2．7．2 CTCF是一个多能的转录调控因子
2．7．3 染色质特性决定了基因的细胞特异性表达
2．7．4 CTCF构建染色质结构
2．7．5 CTCF参与DNA复制过程
第三章 DHSs的识别与注释
3．1 研究背景
3．2 DHSs的全基因组性质
3．2．1 DHSs的分类
3．2．2 DHSs的基因组覆盖率
3．2．3 DHSs的基因组定位分析
3．2．4 DHSs与基因密度、TFBS数量的关联
3．3 DHSs与组蛋白修饰的全基因组关联分析
3．3．1 DHSs周围组蛋白修饰情况
3．3．2 DHSs与组蛋白修饰的相关性
3．4 DHSs与基因表达的全基因组关联分析
3．4．1 DHSs靠近TSS区
3．4．2 DHSs与基因表达
3．5 染色质域的四种不同模式
3．5．1 DHSs与组蛋白修饰和基因表达均相关
3．5．2 染色质结构的四种不同功能
3．6 基于测序数据整合的TFBS识别
3．7 总结与讨论
3．7．1 DHSs的全基因组性质
3．7．2 DHSs、组蛋白修饰、基因表达之间的相关性
3．7．3 通过数据整合方法来识别功能元件
第四章 模式序列识别算法
4．1 研究背景
4．1．1 什么是模式序列?
4．1．2 模式序列识别主流算法
4．2 iFORM方法
4．2．1 iFORM算法流程
4．2．2 Pvalue合并方法
4．2．3 算法的运行环境
4．3 算法评估
4．3．1 能找到新的可靠结合位点
4．3．2 ROC曲线比较
4．4 总结与讨论
第五章 聚集区间的整合分析
5．1 研究背景
5．2 聚集区间的识别
5．2．1是否存在聚集区间?
5．2．2 如何识别聚集区间?
5．2．3 人类基因组上有多少聚集区间?
5．3 聚集区间的基本特征
5．3．1 聚集区间的分类
5．3．2 不同类别聚集区间差异显著
5．4 聚集区间的表观特征
5．4．1 聚集区间的转录因子特性
5．4．2 RNA聚合酶Ⅱ在聚集区间的性质
5．4．3 聚集区间的组蛋白结合特性
5．4．4 聚集区间的甲基化特性
5．4．5 聚集区间附近的染色质结构
5．5 聚集区间应用实例
5．5．1 聚集区间展现谱系进化规律
5．5．2 聚类稳健性分析
5．5．3 聚类敏感性分析
5．5．4 谱系间进化保守性
5．6 总结与讨论
第六章 转录因子调控网络
6．1 识别转录因子结合位点
6．1．1 TFBS全基因组分布情况
6．1．2 TFBS保守性分析
6．1．3 TFBS与染色质状态
6．2 网络构建方法
6．3 网络结构分析
6．3．1 网络结构模式
6．3．2 网络结构与进化
6．3．3 谱系特异的网络结构模式实例
6．4 总结与讨论
第七章 全文总结与展望
7．1 全文总结
7．2 研究课题展望
参考文献
综述 转录因子结合位点的识别与注释
代表性论著
个人简历
致谢
