绿头野鸭与北京鸭杂交后代等位基因差异表达分析

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摘要

第一章 文献综述

1．1 北京鸭和绿头野鸭简介

1．1．1 绿头野鸭简介

1．1．2 北京鸭简介

1．1．3 绿头野鸭与北京鸭的联系

1．2 鸭基因组研究进展

1．3 等位基因差异表达研究进展

1．3．1 基因表达的调控

1．3．2 等位基因概述

1．3．3 动植物中等位基因差异表达研究

1．4 顺式调控作用的重要性

1．5 本研究目的及意义

第二章 材料与方法

2．1 北京鸭和野鸭资源群体构建

2．2　实验材料

2．2．1 血液样品

2．2．2 组织样品

2．2．3 仪器与设备

2．2．4 主要试剂和溶液配制

2．3 实验设计

2．4 生物信息学软件

2．4．2 Samtools

2．4．4 STAR(Spiliced Transcripts Aligmnent to a Reference)

2．4．5 Hisat(Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts)

2．4．6 Htseq

2．5 基因组数据分析方法

2．5．1 鸭血基因组总DNA提取与检测

2．5．2 建库测序

2．5．3 测序原始数据质控和过滤

2．5．4 序列比对和变异检测

2．6 转录组数据分析方法

2．6．1 组织总RNA提取与检测

2．6．2 建库测序

2．6．5 基因表达量计算

2．6．6 等位基因表达量计算

2．6．7 差异表达等位基因筛选

2．6．8 GO和KEGG分析

第三章 结果与分析

3．1 亲本重测序数据分析

3．1．1 血液DNA样本检测结果

3．1．2 重测序原始数据

3．1．3 序列比对结果和全基因组变异数据

3．2．1 组织RNA样本检测结果

3．2．2 转录组测序数据

3．2．3 序列比对结果

3．2．4 基因表达模式分析

3．2．5 差异表达等位基因

第四章 讨论

4．1 关于试验设计

4．1．1 关于重测序样本选择

4．1．2 关于正反交试验

4．1．3 关于不同组织混合测序

4．2 关于差异表达等位基因筛选

第五章 结论

5．1 本研究的结果

5．2 本研究的创新点

参考文献

附录

致谢

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