第一章 绪论
1.1 原钙黏蛋白基因簇家族
1.1.1 原钙黏蛋白基因簇的组成
1.1.2 原钙黏蛋白基因簇的功能
1.2 基因组染色质拓扑结构
1.3 基于二代测序的全基因组测序技术
1.4 绝缘子蛋白复合物CTCF/cohesin
1.4.1 CTCF结合位点和cohesin结合位点在基因组中分布广泛
1.4.2 CTCF和cohesin蛋白的绝缘子功能
1.4.3 CTCF和cohesin蛋白介导的基因组相互作用
1.4.4 Pcdh基因簇家族当中CBS位点的分布
1.5 CRISPR/Cas9遗传编辑技术
第二章 材料和方法
2.1 实验仪器
2.1.1 计算平台
2.1.2 操作系统
2.2 试验方法
2.2.1 二代测序数据前期准备和序列比对
2.2.2 使用4Cseq方法进行4C-seq测序结果的分析
2.2.3 ChIP-seq数据的分析
2.2.4 RNA-seq数据的分析
2.2.5 全基因组CTCF/cohesin结合规律分析
第三章 实验结果
3.1 Pcdh基因簇的调控区域的确定
3.2 Pcdh基因簇内的两个CCD内的CBS的方向是有规律的
3.3 原位的反转CCD边界CBS位点改变了染色体相互作用和相关基因的表达
3.4 基因组范围内与CTCF蛋白结合CBS位点相关的染色体相互作用的分析
3.5 基因组范围内与CTCF/cohesin共同介导的DNA相互作用分析
3.6 在β-globin基因簇中进行CBS的敲除、反转，验证CBS方向在DNA相互作用中的机制
3.7 单个基因位置CTCF介导相互作用的预测
第四章 总结与讨论
参考文献
致谢
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