基于多级方法的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选和先导化合物结构优化

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第一章 绪论

1.1 抗病毒药物的研究现状和研发趋势

1.1.1 抗病毒药物的研究现状

1.1.2 抗病毒药物的研发趋势

1.2 HIV-1蛋白酶抑制剂的研究背景及进展

1.2.1 艾滋病的研究背景

1.2.2 HIV蛋白酶抑制剂研究进展

1.3 计算机辅助药物设计策略方法介绍

第二章 基于配体的药物筛选方法

2.1 基于SVM支持向量机的药物筛选

2.1.1 机器学习分类方法

2.1.2 化学信息学-分子描述符

2.1.3 变量的预处理和GA筛选

2.1.4 SVM预测结果与讨论

2.2 基于形状(Shape-based)相似性的筛选

2.2.1 相似性搜索方法及应用

2.2.2 相似性搜索结果与讨论

2.3 基于药效团模型的药物筛选

2.3.1 药效团方法与建模

2.3.2 药效团筛选结果及讨论

第三章 基于受体的药物筛选方法-分子对接

3.1 分子模拟

3.2 分子力学概述

3.3 分子力场

3.4 分子对接原理

3.5 分子对接计算结果

3.6 多级虚拟筛选流程整合

第四章 Darunavir作用模式研究和化合物优化

4.1 统计力学和Motlte Carlo模拟

4.2 分子动力学原理

4.3 MMPBSA结合自由能计算

4.4 药物先导化合物的优化方法

4.5 Darunavir和9Y9的优化策略

4.6 先导化合物优化结果讨论

第五章 全文总结及展望

参考论文

致谢

附录

附录A：xlogp3应用

附录B：GA-SVM操作过程及命令

附录C：shape操作过程及命令

附录D：MD-MMPBSA过程及操作命令

附录E：部分筛选结果及先导化合物分子对接复合物作用图

个人简介及攻读硕士学位期间参与发表的学术论文