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首页> 外文期刊>European Journal of Medicinal Chemistry: Chimie Therapeutique >Multistage virtual screening and identification of novel HIV-1 protease inhibitors by integrating SVM, shape, pharmacophore and docking methods
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Multistage virtual screening and identification of novel HIV-1 protease inhibitors by integrating SVM, shape, pharmacophore and docking methods

机译：通过支持向量机，形状，药效团和对接方法进行多阶段虚拟筛选和鉴定新型HIV-1蛋白酶抑制剂

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The HIV-1 protease has proven to be a crucial component of the HIV replication machinery and a reliable target for anti-HIV drug discovery. In this study, we applied an optimized hierarchical multistage virtual screening method targeting HIV-1 protease. The method sequentially applied SVM (Support Vector Machine), shape similarity, pharmacophore modeling and molecular docking. Using a validation set (270 positives, 155,996 negatives), the multistage virtual screening method showed a high hit rate and high enrichment factor of 80.47% and 465.75, respectively. Furthermore, this approach was applied to screen the National Cancer Institute database (NCI), which contains 260,000 molecules. From the final hit list, 6 molecules were selected for further testing in an in vitro HIV-1 protease inhibitory assay, and 2 molecules (NSC111887 and NSC121217) showed inhibitory potency against HIV-1 protease, with IC50 values of 62 mu M and 162 mu M, respectively. With further chemical development, these 2 molecules could potentially serve as HIV-1 protease inhibitors. (C) 2015 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
机译：事实证明，HIV-1蛋白酶是HIV复制机制的重要组成部分，也是抗HIV药物发现的可靠目标。在这项研究中，我们应用了针对HIV-1蛋白酶的优化的分层多阶段虚拟筛选方法。该方法依次应用了SVM（支持向量机），形状相似性，药效团建模和分子对接。使用验证集（270个阳性，155,996个阴性），多阶段虚拟筛选方法显示出高命中率和高富集因子，分别为80.47％和465.75。此外，该方法还用于筛选国家癌症研究所的数据库（NCI），该数据库包含260,000个分子。从最终的命中列表中，选择6个分子用于进一步的HIV-1蛋白酶体外抑制试验，其中2个分子（NSC111887和NSC121217）显示出对HIV-1蛋白酶的抑制力，IC50值为62μM和162亩米。随着化学的进一步发展，这两个分子有可能充当HIV-1蛋白酶抑制剂。 （C）2015 Elsevier Masson SAS。版权所有。

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