第一章 绪 论
1.1 麦类植物串联重复序列研究进展
1.1.1 微卫星
1.1.2 小卫星
1.1.3 卫星DNA
1.1.4 串联重复序列的FISH杂交模式
1.1.5 串联重复序列的获取
1.2 小麦及其近缘物种基因组测序研究进展
1.3 小麦及其近缘物种染色体鉴定技术研究
1.3.1 GISH
1.3.2 FISH
1.4 本文的主要研究内容及结构安排
第二章 全基因组BLAST结果可视化网络服务
2.1 引言
2.2.1 实验材料
2.2.2 ND-FISH
2.2.3 相关性分析
2.2.4 数据收集
2.2.5 B2DSC服务的设计与实现
2.3 B2DSC服务的使用
2.3.1 用户界面及使用简介
2.3.2 B2DSC主页
2.3.3 B2DSC任务页
2.4.1 小麦着丝粒特异探针
2.4.2 Oligo-pSc119.2-1在小麦中国春中FISH信号的物理定位
2.5 讨论
2.6 本章小结
第三章 小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘
3.1 引言
3.2.1 实验材料与数据来源
3.2.2 ND-FISH
3.2.3 参考基因组中TR的发掘
3.2.4 基因组非冗余TR的获取
3.2.5 相关性分析与多重比较分析
3.2.6 高度串联TR的聚类分析
3.2.7 全基因组TR的聚类分析
3.3 结果
3.3.1 非冗余TR预测
3.3.2 小麦中各类TR的基因组分布
3.3.3 小麦中的高度串联TR阵列
3.3.4 小麦中新高度串联TR阵列代表性寡核苷酸探针的预测
3.3.5 小麦全基因组TR聚类分析
3.3.6 小麦近缘物种全基因组TR聚类分析
3.3.7 小麦寡核苷酸探针物理图谱集合的构建
3.4 讨论
3.4.1 基因组学与细胞遗传学结合起来分析TR
3.4.2 小麦TR的全基因组聚类
3.5 本章小结
第四章 小麦中TR与基因和miRNA的关系初探
4.1 引言
4.2.1 数据来源
4.2.2 TR与miRNA
4.2.3 系统发育分析
4.3 结果
4.3.1 小麦中基因周围的TR分布
4.3.2 TSS上下游50 bp存在(AG)n的小麦HC基因的分布与表达
4.3.3 小麦中距离44类高度串联TR较近的基因的表达
4.3.4 TR插入对类萌发素蛋白基因表达的影响
4.3.5 小麦中的TR与miRNA
4.4 讨论
4.5 本章小结
第五章 小卫星Ta-3A1的分布与进化
5.1 引言
5.2.1 数据来源
5.2.2 实验材料
5.2.3 ND-FISH
5.2.4 Ta-3A1单体序列多态性分析
5.2.5 热图绘制
5.2.6 Ta-3A1单体系统发育分析
5.2.7 序列logo图绘制
5.2.8 共线性作图
5.3 结果
5.3.1 Ta-3A1是小麦基因组中最为富集的一类TR
5.3.2 不同染色体区域Ta-3A1单体序列分析
5.3.3 Ta-3A1用于FISH分析
5.4 讨论
5.5 本章小结
第六章 新寡核苷酸探针在染色体区段鉴定中的应用
6.1 引言
6.2.1 实验材料
6.2.2 ND-FISH
6.2.3 90K SNP分析
6.3 结果
6.3.1 小麦-偃麦草导入系Z4易位断裂位点的精细鉴定
6.3.2 多重易位系Amigo染色体的多色原位杂交鉴定
6.3.3 小麦新品种“川麦62”易位断裂位点的鉴定
6.4 讨论
6.5 本章小结
第七章 总结与展望
7.1 全文总结
7.2 后续工作展望
致谢
参考文献
附录
第二章
第三章
第四章
附图
攻读博士学位期间取得的成果
