香蕉鞘腐病菌致病力分析和菌株XJ12全基因组测序

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1前言

1.1香蕉产业及香蕉细菌病害概况

1.2香蕉鞘腐病发生和研究概况

1.3 Dickeya的分类情况

1.4 Dickeya致病相关基因的研究概况

1.5 Dickeya的侵染过程

1.6分子生物学检测

1.6.1常规PCR技术

1.6.2实时荧光定量PCR技术

1.7微生物全基因组研究

1.8本研究的目的、意义

2材料与方法

2.1试验材料

2.1.2供试寄主植株

2.1.3培养基配制

2.1.4酶和主要试剂

2.1.5主要仪器

2.1.6主要试剂配方

2.2致病力测定

2.2.1 病原细菌的分离、纯化

2.2.2菌株活化

2.2.3巴西蕉假茎（成株期）接种

2.2.4 5~6片叶龄巴西蕉接种

2.2.5 致病力分析

2.3病原菌系统发育分析

2.3.1供试菌株基因组DNA提取

2.3.2大肠杆菌E.coliDH5α感受态细胞的制备

2.3.3看家基因部分片段扩增与克隆

2.3.4切胶回收

2.3.5目的片段的连接和转化

2.3.7进化树构建

2.4 检测方法的建立

2.4.1 Dickeya属菌株常规PCR和实时荧光PCR体系的优化

2.4.2 鞘腐病菌标准曲线的制备

2.4.3实时荧光PCR与常规PCR灵敏度对比

2.4.4发病植株检测

2.4.5土壤样品检测

2.5香蕉鞘腐病菌全基因组测序

2.5.1测序流程

2.5.2信息分析流程

2.5.3数据组装分析

2.5.4编码基因预测

2.5.5重复序列注释

2.5.6非编码RNA预测

2.5.7基因功能预测

2.5.8基因组圈图

2.5.9共线性分析

3结果与分析

3.1香蕉鞘腐病病原菌的分离和致病力测定

3.1.1分离和纯化

3.1.2假茎离体致病力测定

3.1.3幼苗盆栽致病力测定

3.2 病原菌鉴定和进化树分析

3.2.1 16S rDNA部分片段扩增和序列分析

3.2.2 看家基因部分片段扩增

3.2.3 看家基因基因序列分析和进化树构建

3.3检测方法的建立

3.3.1优化体系

3.3.2 qPCR标准曲线的制备

3.3.3 常规PCR与实时荧光定量PCR灵敏性检测比较

3.3.4实时荧光PCR检测不同浓度发病植株的鞘腐病菌含量

3.3.5实时荧光PCR检测不同浓度土壤的鞘腐病菌含量

3.4 XJ12全基因组分析

3.4.1数据组装分析

3.4.2编码基因预测

3.4.3重复序列分析和转座子分类信息统计

3.4.4非编码RNA预测

3.4.5 基因功能注释

3.4.6基因组圈图

3.4.7共线性分析

3.4.8全基因组序列进化分析

3.4.9部分致病相关基因比较分析和双组份系统基因比较分析

4结论与讨论

4.1致病力分析

4.2检测方法的建立

4.3全基因组数据分析

4.4结论

致 谢

参 考 文 献