北京油鸡不同组织和不同体重个体基因组DNA甲基化分析

声明

致谢

摘要

1 引言

1．1 DNA甲基化研究进展

1．1．1 DNA甲基化

1．1．2 DNA去甲基化和重新甲基化

1．1．3 DNA甲基化与生物的生长发育

1．1．4 DNA甲基化与环境变化

1．1．5 DNA甲基化与疾病的发生

1．2 DNA甲基化研究方法

1．2．1 甲基化敏感扩增片段多态性方法(MSAP)

1．2．2 第二代测序技术在甲基化检测上的应用

1．2．3 基于基因芯片技术的检测方法

1．2．4 基于纳米技术检测甲基化位点结构的差异

1．2．5 生物信息学在DNA甲基化研究中的应用

1．3 本研究目的意义

2 材料与方法

2．1 实验材料

2．1．1 实验动物

2．1．2 主要试剂

2．1．3 主要仪器

2．2 实验方法

2．2．1 酚仿法提取北京油鸡肌肉和卵巢组织基因组DNA

2．2．2 DNA甲基化检测

2．2．3 PAGE电泳银染检测过程及毛细管电泳检测过程

2．2．4 甲基化差异片段的回收

2．2．5 差异片段克隆及测序

3 结果与分析

3．1 北京油鸡MSAP毛细管电泳荧光检测体系的优化

3．1．1 MSAP分析中基因组DNA用量对结果的影响

3．1．2 选择性扩增反应中预扩增产物稀释倍数的确定

3．1．3 选择性扩增反应中引物用量的确定

3．1．4 选择性扩增反应中Mg2+浓度的确定

3．1．5 选择性扩增反应中dNTPs浓度的确定

3．1．6 电泳时DNA上样量对实验结果的影响

3．1．7 毛细管电泳中内标用量的确定

3．1．8 进样时间对电泳结果的影响

3．2 MSAP荧光检测数据的自动分析研究

3．2．1 MSAP扩增片段荧光信号的转换和初始数据的获得

3．2．2 MSAP荧光标记检测初始数据的转换

3．2．3 四种数据转换方法计算结果比较

3．2．4 用于MSAP荧光检测初始数据自动分析程序的编写

3．3 北京油鸡肌肉与卵巢组织基因组DNA甲基化分析

3．3．1 北京油鸡肌肉和卵巢组织基因组DNA的提取

3．3．2 基因组DNA的酶切

3．3．3 预扩增反应结果

3．3．4 选择性扩增结果

3．3．5 PAGE电泳和毛细管电泳检测

3．3．6 DNA甲基化模式分析

3．3．7 北京油鸡肌肉和卵巢基因组DNA甲基化水平

3．3．8 组织特异性甲基化片段回收测序

3．4 不同体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化分析

3．4．1 北京油鸡肌肉组织基因组DNA的MSAP分析

3．4．2 PAGE电泳和毛细管电泳检测

3．4．3 DNA甲基化模式的分析

3．4．4 高低体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平分析

3．4．5 体重特异性甲基化片段回收测序

4 讨论

4．1 北京油鸡MSAP毛细管电泳荧光检测体系的优化

4．2 MSAP荧光检测数据的自动分析研究

4．3 北京油鸡肌肉和卵巢组织基因组DNA甲基化分析

4．4 不同体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化分析

5 结论

参考文献

附录

作者简历及攻读硕士学位期间取得的研究成果

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