基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测

韩娜; 袁哲明; 陈渊; 代志军; 王志明

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基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测

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高活性细胞毒T细胞(CTL)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征HLA-A*0201限制性表位9肽,从531×9个初始描述子出发,经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选,获得18个物理化学意义明确的保留描述子.18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征,3位残基疏水性对活性影响最大,且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知.对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数R2、Q2cv分别为0.957、0.708;独立预测决定系数及均方根误差Q2ext、RMSEext分别为0.818、0.366,明显优于文献报道.通过对全组合虚拟9肽的预测,得到了多条预测活性高于已知表位肽的9肽,可供实验验证.较全面阐明了特定位置残基对多肽亲和性的影响规律,为高活性多肽疫苗分子设计提供了切实指导.

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来源
《物理化学学报》 |2013年第9期|1945-1953|共9页
作者
韩娜; 袁哲明; 陈渊; 代志军; 王志明;
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作者单位

湖南农业大学,湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室,长沙410128;

湖南农业大学,湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室,长沙410128;

湖南农业大学,湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室,长沙410128;

湖南农业大学,湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室,长沙410128;

湖南农业大学,湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室,湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室,长沙410128;

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正文语种 chi
中图分类结构化学;
关键词
抗原肽; 定量序效模型; 高维特征; 支持向量回归; 多肽疫苗;

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