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塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

         

摘要

为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组.结果显示,该毒株基因组全长7292 bp,包括5'UTR(670 bp)、ORF(6546 bp)以及3'UTR(76 bp).选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对.结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间.VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远.对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异.本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据.

著录项

  • 来源
    《中国动物检疫》 |2020年第12期|108-113|共6页
  • 作者单位

    内蒙古农业大学兽医学院 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 内蒙古呼和浩特 010018;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    内蒙古农业大学兽医学院 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 内蒙古呼和浩特 010018;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    内蒙古农业大学兽医学院 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 内蒙古呼和浩特 010018;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    内蒙古农业大学兽医学院 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 内蒙古呼和浩特 010018;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    金宇保灵生物药品有限公司 兽医疫苗国家工程实验室 内蒙古呼和浩特 010020;

    内蒙古农业大学兽医学院 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 内蒙古呼和浩特 010018;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 家畜病毒学;
  • 关键词

    塞内卡病毒; 全基因组; 序列分析;

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