金钱鱼线粒体基因的SNP检测分析

王武; 刘振浩; 张俊彬

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cqvip:通过Hi-seq 2000高通量测序(high throughput sequencing,Hi-seq)获得金钱鱼的转录组数据,利用获得的转录组数据进行金钱鱼线粒体基因单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)的鉴定和分析。根据生物信息学的应用方法,对RNA-seq数据进行分析和筛选,得到金钱鱼线粒体基因组90个位点上的93个SNP。其中,在9个蛋白编码基因(ND1、ND2、COⅡ、ATP6、ND4L、ND4、ND5、ND6、Cytb)上均有SNP位点,而基因COⅠ、COⅢ和ATP8上未有检测到,并且蛋白编码基因上有5个SNP为非同义突变。本研究对SNP的测定和分析将为金钱鱼亲缘地理学和母系遗传进化等研究引入新的见解。

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来源
《中国科技论文》 |2018年第12期|P.1390-1395|共6页
作者
王武; 刘振浩; 张俊彬;
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作者单位

上海海洋大学水产与生命学院上海201306;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 P735;
关键词
生物信息学; 金钱鱼; 高通量测序; 线粒体基因组; 单核苷酸多态性;

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