水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定

张勇; 邓科君; 张韬; 杨足君; 彭金华; 周建平; 任正隆

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采用EcoR I和Hpa II/Msp I双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点.以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为20.17%.对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上.分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似"CpG island" 典型序列特征的"CpG"二核苷酸成簇富集区.在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中"CpG island"类似序列分布特征和生物意义进行了讨论.

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来源
《高技术通讯》 |2009年第9期|983-990|共8页
作者
张勇; 邓科君; 张韬; 杨足君; 彭金华; 周建平; 任正隆;
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作者单位

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

四川农业大学植物遗传育种省级重点实验室,雅安,625014;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

电子科技大学生命科学与技术学院,成都,610054;

四川农业大学植物遗传育种省级重点实验室,雅安,625014;

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正文语种 chi
中图分类电视;
关键词
水稻; 表观遗传; DNA甲基化; 甲基化敏感扩增多态性(MSAP); CpG岛;

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