基于SNP分子标记的云上黑山羊3个核心群遗传多样性分析

朱兰; 王鹏; 欧阳依娜; 江炎庭; 兰蓉

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基于SNP分子标记的云上黑山羊3个核心群遗传多样性分析

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本研究旨对云上黑山羊3个核心群的遗传多样性及遗传关系进行研究分析。选取云上黑山羊弥勒(HM)、寻甸(HX)和团结乡(HY)3个群体共668只母羊,基于MassARRY核酸质谱分析系统对25个SNP位点进行检测分型,应用GenAlex6.5、CERVUS 3.0、MEGA 4、Structure V2.3.3、Plink v1.07等软件计算遗传多样性信息,分析群体遗传多样性、遗传距离、群体遗传结构等。结果显示:实验共检出16 700个基因型数据,平均检出率93.04%;3个群体PIC值在0.210~0.227;观测杂合度Ho(0.210~0.240)均小于期望杂合度He(0.260~0.276);Shannon指数在0.372~0.432之间,均小于1;Fst值为0.015~0.030,处于较低程度分化状态;Fis值在0.099~0.188之间,3个群体存在不同程度的自交。PCA主成分分析和Structure遗传结构分析结果显示3个山羊群体分类为一个群体,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示弥勒群体和寻甸群体有较近的遗传关系,先聚为一支,再与团结乡群体聚为一支。研究结果为云上黑山羊差异化品系培育提供了科学依据。

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来源
《中国畜牧杂志》 |2022年第10期|136-143|共8页
作者
朱兰; 王鹏; 欧阳依娜; 江炎庭; 兰蓉;
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作者单位

云南省畜牧兽医科学院;

云南省种羊繁育推广中心;

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正文语种 chi
中图分类 S827.2;
关键词
SNP标记; 遗传多样性; 云上黑山羊; MassARRAY;

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