基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型

高建召; 胡刚; 王奎; 沈世镒

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基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型

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正确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要.本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型.针对三种折叠机制two-state,multi-state和mixed-state,用Jackknife验证模犁,预测的折叠速率和实验验证的折叠速率相关系数分别为0.790,0.829和0.778.本文结果表明四阶局部结构信息熵和折叠速率有很高的负相关性;蛋白质的长度和蛋白质的折叠速率成反比关系;螺旋的含量会加快蛋白质的折叠过程.对two-state蛋白质β折叠的含量会减慢蛋白质的折叠过程;和其他模型相比,我们提出的线性回归模型具有输入参数少,计算简单,平均绝对误差小的优点.

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来源
《工程数学学报》 |2010年第6期|959-966|共8页
作者
高建召; 胡刚; 王奎; 沈世镒;
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作者单位

南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071;

南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071;

南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071;

南开大学数学科学学院与LPMC,天津,300071;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类信息论（信息论的数学理论）;
关键词
蛋白质折叠速率; 基因序列的预测方法; 局部结构信息熵; 线性回归;

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