肝炎病毒诊断分型寡核苷酸芯片的制备与应用

孙朝晖; 杨慧兰; 危敏; 王蜀燕; 王从容; 石玉玲; 马文丽

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肝炎病毒诊断分型寡核苷酸芯片的制备与应用

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目的研制联合诊断HBV、HDV、HCV及HCV分型的寡核苷酸（Oligo）芯片,并进行系列优化及临床应用性研究。方法从GenBank数据库获取HBV全长DNA序列,HDV及HCV 4个基因型全长cDNA序列,根据BLAST分析结果获得HBV、HDV种属保守序列及HCV各型特异性序列,以作为设计Oligo探针的备选序列。用Array designer 3.0分别对BLAST检索所得的HBV、HDV种属保守序列和HCV型特异性序列逐一进行分析,设计长度均一的60met Oligo探针。从HBV、HDV、HCV种属保守序列和HCV型特异性序列中分别挑选出16、8、68条60mer Oligo探针。Oligo探针合成和纯化后,用芯片打印仪固定在玻片上。为便于研究,先后制备了2种芯片,包括HBV、HDV诊断芯片、HCV分型芯片。采用限制性显示-PCR技术进行样品荧光标记后与芯片杂交,并根据杂交结果筛除了有非特异杂交和信噪比低于4.0的探针,选取高特异的探针制备了HBV、HDV、HCV联合诊断分型芯片。结果从杂交效果来看,研制的Oligo芯片特异性较高,可有效用于HBV、HDV、HCV的联合诊断及HCV的分型。为了适应临床诊断的要求,对芯片进行了实验条件摸索和一些优化,均取得较好的效果。结论制备的肝炎病毒诊断分型芯片检测敏感性、特异性均佳,具有较为广阔的应用前景,为下一阶段进行中试规模的临床血清样品检测做好了准备。

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来源
《中华肝脏病杂志》 |2007年第11期||共页
作者
孙朝晖; 杨慧兰; 危敏; 王蜀燕; 王从容; 石玉玲; 马文丽;
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作者单位

1. 广州军区广州总医院检验科 2. 广州军区总医院皮肤科 3. 南方医科大学基因工程研究所 4. 南方医院检验科;

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正文语种 chi
中图分类筋腱、韧带、滑囊疾病及损伤;
关键词
肝炎病毒; 寡核苷酸类; 杂交; 探针; 基因芯片;

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