基于计算机虚拟筛选发现具有抑制Gpx4活性的海洋化合物

罗连响; 廖颖琳; 王渠; 罗辉

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基于计算机虚拟筛选发现具有抑制Gpx4活性的海洋化合物

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目的借助计算机模拟方法发现具有Gpx4酶抑制活性的海洋化合物。方法使用Libdock软件对现有Gpx4结构进行了虚拟筛选,对于Libdock得分最好的前100个海洋化合物,进一步根据利平斯基五规则(lipinski’s Rule of Five)中的相对分子质量限制条件进行筛选,得到了6个符合条件的海洋分子。然后借助CovDock功能对得分最佳的2个活性海洋分子进行了与蛋白的共价对接,并对这2个配体进行基于复合物药效团的药效特征分析以验证化合物与受体结合所需的关键性质。最后预测了全部6个海洋化合物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性(ADMET)特性,以确定其成药特性。结果海洋库中的2个分子被预测为具有最佳类药性质,因此被选作后续研究对象。对这2个化合物与Gpx4形成复合物的分子动力学计算表明,它们与靶标的结合效果稳定。结论筛选出的2种海洋化合物可能是有效的Gpx4抑制剂,为肿瘤的治疗提供新的候选化合物。

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来源
《中国海洋药物》 |2022年第5期|1-12|共12页
作者
罗连响; 廖颖琳; 王渠; 罗辉;
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作者单位

南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江);

广东湛江524023;

广东医科大学海洋医药研究院;

广东湛江524023;

广东湛江海洋医药研究院;

广东湛江524023;

广东医科大学第一临床医学院;

广东湛江524023;

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正文语种 chi
中图分类中药材;
关键词
铁死亡; Gpx4; 海洋化合物; 虚拟筛选; 分子动力学;

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