基于生物信息学方法探讨Her-2基因表达对胃癌免疫细胞浸润的影响

张静; 游路宽; 胡毅

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基于生物信息学方法探讨Her-2基因表达对胃癌免疫细胞浸润的影响

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cqvip:目的探讨人类表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor-2,Her-2)对胃癌组织中免疫细胞浸润的影响及可能的机制。方法从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载胃癌转录测序数据及临床资料。采用CIBERSORT反卷积算法获得胃癌微环境中浸润的免疫细胞占比,分析其与Her-2表达的关系,筛选Her-2基因潜在的调控浸润免疫细胞的类型。采用基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)评估与胃癌组织Her-2表达相关的信号通路集合,利用GEO(gene expression omnibus)收录的胃癌转录组数据验证Her-2基因表达与胃癌免疫细胞浸润程度的关系。结果CIBERSORT分析TCGA数据库胃癌样本发现CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞在Her-2高表达及低表达组中的浸润程度差异有统计学意义(P=0.029,0.049,0.027,0.008)。GEO数据库与TCGA数据库分析结果均显示,Her-2基因高表达与CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞的发育、诱导分化、迁移调控有关(P<0.05),并影响胃癌组织中部分免疫细胞的浸润能力和程度。结论在胃癌中Her-2基因高表达可能对部分免疫细胞形成和功能发挥具有抑制作用。

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来源
《中国癌症防治杂志》 |2019年第6期|454-460|共7页
作者
张静; 游路宽; 胡毅;
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作者单位

100853 北京解放军总医院第一医学中心肿瘤内科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类胃肿瘤;
关键词
胃癌; 人类表皮生长因子受体2; 肿瘤免疫细胞浸润; 分子机制; 生物信息学;

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