• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《中国病理生理杂志》 >db/db小鼠肝脏中实时定量逆转录PCR内参照基因及标准化方法的评估与整合

db/db小鼠肝脏中实时定量逆转录PCR内参照基因及标准化方法的评估与整合

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

目的：：实时定量逆转录PCR( RT-qPCR)结果的标准化对于保证最终结果的准确性尤其重要。常用的标准化方法包括用加入的核酸量校正(ΔCt法)、用单个内参照基因校正(ΔΔCt法)和用统计学软件计算多个内参照基因的几何平均值进行校正。我们在db/db小鼠肝脏中对各种校正方法进行评估。方法：用geNorm 和 Norm-Finder两种软件评估ACTB、eIF5、GAPDH、HMBS、HPRT1、Polr2A和RPLP0共7个内参照基因,以肝脏脂质合成相关基因Thrsp、SCD、SREBP1c和FAS作为目的基因。结果：应用ΔCt法,db/db小鼠肝脏中所有目的基因及GAPDH的表达显著升高(P<0.05)。 geNorm计算认为ACTB和HMBS最稳定。 NormFinder计算认为ACTB最稳定,而GAPDH和RPLP0为最佳组合。以单个基因ACTB或RPLP0,以及ACTB与HMBS,或GAPDH与RPLP0的几何平均值进行校正,db/db小鼠肝脏中除SREBP1c以外,Thrsp、SCD1和 FAS的表达均升高(P<0.05)。结论：用ΔCt法校正 RT-qPCR的结果稳定并具有生物学意义。统计学软件geNorm或NormFinder应与ΔCt法整合使用。%AIM:Normalizing the results of real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reac-tion ( RT-qPCR) is essential for the accuracy of analysis. Commonly used approaches include input nucleic acid standardi-zation (ΔCt method) , normalization against a single internal reference gene (ΔΔCt method) , and geometric averaging of multiple reference gene abundance using statistical software. We evaluated these approaches in the liver of db/db mice, a typical model of fatty liver disease. METHODS: Seven reference genes, β-actin (ACTB), eukaryotic initiation factor (eIF) 5, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), hydroxymethylbilane synthase (HMBS), hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HPRT) 1, polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide A (Polr2A) and ribo-somal protein P0 (RPLP0), were evaluated using software of geNorm and NormFinder. Hepatic lipogenesis genes, such as thyroid hormone-responsive protein (Thrsp), stearoyl-CoA desaturase (SCD) 1, sterol regulatory element-binding protein (SREBP) 1c and fatty acid synthase (FAS), were used as target genes of interest. RESULTS: The expression levels of all target genes and GAPDH were significantly elevated (P<0. 05) in db/db mouse livers by theΔCt method. ACTB and HMBS were the most stable genes calculated by the software of geNorm. NormFinder analysis indicated that ACTB was the most stable gene, and the best combination of 2 genes was GAPDH and RPLP0. Normalization against a single internal ref-erence gene of ACTB or RPLP0, the geometric mean of ACTB and HMBS, or GAPDH and RPLP0 showed similar results that the expression levels of Thrsp, SCD1 and FAS, but not SREBP1c increased (P<0. 05) in the liver of db/db mice. CONCLUSION:The ΔCt approach ensures a meaningful and biologically significant appraisal of gene expression. Use of the software like geNorm or NormFinder should be integrated with ΔCt method.

著录项

  • 来源
    《中国病理生理杂志》 |2016年第11期|2106-2112|共7页
  • 作者

    李开济; 田增有; 田景瑞; 门秀丽; 吴静;

  • 作者单位

    华北理工大学基础医学院病理生理学系;

    河北省慢性疾病重点实验室;

    唐山市慢性病临床基础研究重点实验室;

    河北 唐山063000;

    华北理工大学基础医学院病理生理学系;

    河北省慢性疾病重点实验室;

    唐山市慢性病临床基础研究重点实验室;

    河北 唐山063000;

    华北理工大学基础医学院病理生理学系;

    河北省慢性疾病重点实验室;

    唐山市慢性病临床基础研究重点实验室;

    河北 唐山063000;

    华北理工大学基础医学院病理生理学系;

    河北省慢性疾病重点实验室;

    唐山市慢性病临床基础研究重点实验室;

    河北 唐山063000;

    华北理工大学基础医学院病理生理学系;

    河北省慢性疾病重点实验室;

    唐山市慢性病临床基础研究重点实验室;

    河北 唐山063000;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 实验方法与设备;
  • 关键词

    实时定量逆转录PCR; 标准化方法; 内参照基因; db/db小鼠;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号