云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

陈瑶瑶; 赵晓南; 孙艳红; 张美玲; 周洁楠

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云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

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目的对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征.方法采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建.结果病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征.系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East,Central and South African Lineage,ECS A)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系.YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24％～99.96％,氨基酸同源性为95.34％～99.97％,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点.结论云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究.

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来源
《中国人兽共患病学报》 |2021年第3期|221-224229|共5页
作者
陈瑶瑶; 赵晓南; 孙艳红; 张美玲; 周洁楠;
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作者单位

云南省疾病预防控制中心昆明 650022;

云南省疾病预防控制中心昆明 650022;

云南省疾病预防控制中心昆明 650022;

云南省疾病预防控制中心昆明 650022;

云南省疾病预防控制中心昆明 650022;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类人体病毒学（致病病毒）;
关键词
基孔肯雅病毒(CHIKV); 病毒分离; 全基因组测序; 序列分析;

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