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AP-PCR结合进化树分析在幽门螺杆菌地域起源特征研究中的价值

         
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目的探讨随机引物PCR(Arbitrary primer PCR,AP-PCR)结合克隆测序及生物信息学分析等方法在研究幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)菌株地域起源特征中的价值和意义。方法针对临床分离培养的H.pylori菌株的基因组DNA,采用一组10 nt的寡核苷酸引物进行随机PCR扩增,选取相对保守的片段进行回收、克隆及测序,测序的基因序列提交GenBank数据库进行序列相似性的BLAST比对,收集BLAST比对得到的同源性较高不同地域来源螺杆菌的对应序列,用ClustalX软件进行排序,采用Mega 4.0软件中的邻位相连法(Neighbor-joining)和最大简约法(Maximum-parsimony)进行进化树分析。结果随机引物扩增及筛选克隆测序得到的基因产物为NADH脱氢酶G和H亚单位的部分编码序列,与27株不同地域来源H.pylori及1株猫科动物来源螺杆菌菌株的同源性均高达90%以上,表明H.pylori中NADH脱氢酶基因序列为保守结构,进化树分析显示:采用AP-PCR方法得到的H.pylori临床菌株的基因序列,显示出东亚菌株来源的遗传特征,与具有东亚菌株特征的美洲秘鲁Sat464和Shi470菌株、韩国的52、51菌株、日本的F57菌株遗传距离较近,与南亚、欧洲菌株距离较远,与非洲的SouthAfrica7菌株和猫科动物来源的Sheeba菌株的遗传距离最远。结论不仅某些特殊基因可以反映地域差异,随机定位相对保守的基因片段同样可以反映H.pylori的地域起源特征。AP-PCR、测序等技术方法与进化树分析相结合是探讨H.pylori地域起源特征的一种更为便捷有效的新方法。

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