福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析

黄枝妙; 吴冰珊; 陈凤钦; 黄业伟; 翁育伟

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福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析

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为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp：5′端和3′端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框：ORF1a长2 802bp（86~2 887nt）,编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp（2 827~4 374nt）,编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp（4 367~6 718nt）,编码结构蛋白衣壳蛋白前体。目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列：中国辽宁毒株（JQ403108）和巴西哥亚尼亚毒株（DQ028633）,2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4%。对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1（JF327666）相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5（JQ403108）相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游。本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考。

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来源
《病毒学报》 |2018年第1期|16-21|共6页
作者
黄枝妙; 吴冰珊; 陈凤钦; 黄业伟; 翁育伟;
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作者单位

福建省疾病预防控制中心;

福州350001;

福州市儿童医院;

福州350004;

福建医科大学公共卫生学院;

福州350004;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肠道病毒与肝炎病毒;
关键词
星状病毒(AstV); 全基因组; 系统进化分析; 重组;

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