生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选

王云; 胡艳玲; 曹骥; 何敏

首页> 中文期刊> 《世界华人消化杂志》 >生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选

生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选

开具论文收录证明 >>

期刊封面封底目录下载 >>

文献代查 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

目的:研究应用生物信息学技术,对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析,筛选出人类和小鼠不同种属间在肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因.方法:首先通过文献检索和收集,在GEO数据库中下载符合纳入标准的9套样本基因芯片数据,运用bioconductor和Rversion的2.10.1版本对已下载数据进行标准化处理,运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换;其次使用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性,DAVID进行探针基因名称转换,建立基因名称与样本对应的表达数据表;再进行Meta分析计算人类及小鼠的共同差显基因,并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路.结果:人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同表达基因52个,其中5个为上调基因,4个为下调基因;富集出7条通路,其中甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸代谢通路和轴突引导通路是文献已报道的与肝癌发生发展密切相关通路.结论:通过生物信息学可快速筛选出人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同关键基因及与肝癌发生发展密切相关通路.

著录项

来源
《世界华人消化杂志》 |2012年第12期|1012-1017|共6页
作者
王云; 胡艳玲; 曹骥; 何敏;
展开▼
作者单位

广西医科大学研究生学院;

广西医科大学医学科学实验中心;

广西壮族自治区肿瘤防治研究所实验研究部;

展开▼
原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 R512.63;
关键词
生物信息学; 肝癌; 跨种属; 相关基因; 筛选;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 用生物信息学方法筛选人类和大鼠共同肝癌相关基因 [J] . 王云 ,胡艳玲 ,曹骥 . 中华肝胆外科杂志 . 2012,第009期
2. 基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后 [J] . 李玉杰 ,杨雪佳 ,吴登强 . 海南医学 . 2020,第024期
3. 应用生物信息学方法筛选与验证肝癌预后相关的关键基因 [J] . 石丽稳 ,王华桥 ,杨铁成 . 中华实验外科杂志 . 2020,第009期
4. 氨磷汀调控人类造血及免疫相关基因的筛选及生物信息学预测 [J] . 迟小华 ,井绪臣 ,刘丽宏 . 解放军医学院学报 . 2011,第007期
5. 基于GEO数据的病毒相关性肝癌潜在生物基因标志物的筛选及生物信息学分析 [J] . 吴良银 ,李文丽 ,刘俊 . 现代检验医学杂志 . 2021,第006期
6. 重型再生障碍性贫血发病相关T淋巴细胞基因表达谱的生物信息学分析及作为药物筛选新方法的探索 [C] . LU Xue-Chun ,卢学春 ,CHI Xiao-hua . 中国老年医学学会第二届中国老年医学与科技创新大会 . 2016
7. 用生物信息学方法筛选冠心病相关基因和重要表达模块 [A] . 张雪梅 . 2014

生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅