羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

杜文义; 胡建平; 左柯; 刘嵬; 梁立; 代田洋

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羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

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为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用。

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来源
《中国药科大学学报》 |2016年第5期|551-559|共9页
作者
杜文义; 胡建平; 左柯; 刘嵬; 梁立; 代田洋;
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作者单位

成都大学;

四川抗菌素工业研究所;

药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

成都610106;

乐山师范学院化学学院;

乐山614004;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类生物化学;药学;
关键词
羟基异吲哚酮类衍生物; 分子对接; 分子动力学模拟; HIV-1整合酶; 构象分析;

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