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二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

         

摘要

目的 研究二酮酸类化合物(diketoacids,DKAs)与HIV-1整合酶(integrase,IN)的分子识别机制和二者复合物的构象变化,为预测同类化合物抑制活性提供理论支持.方法 使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接,得到一系列对接复合物模型.选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟,并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基.结果 二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键,结合在由I141~M154,W61~L63和V77构成的口袋中,与实验数据吻合.基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解,其中范德华能项与lgIC50有较高的线性相关,结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测.结论 氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力.结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性.对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义.

著录项

  • 来源
    《中国抗生素杂志》 |2016年第3期|200-211|共12页
  • 作者单位

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

    药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室;

    四川抗菌素工业研究所;

    成都大学;

    成都610052;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 抗生素;
  • 关键词

    二酮酸类; HIV-1整合酶; 分子对接; 分子动力学模拟; 自由能分解;

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