江西2个地方鸡品种MHC B-G座位多态性及生物信息学分析

屠云洁; 苏一军; 李国辉; 张学余; 殷建玫

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江西2个地方鸡品种MHC B-G座位多态性及生物信息学分析

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利用PCR和测序技术获得江西安义瓦灰鸡和东乡绿壳蛋鸡MHC B-G基因全序列,分析其序列多态性,并预测其蛋白质结构与功能。结果表明:瓦灰鸡和东乡绿壳蛋鸡MHC B-G基因全序列大小分别为6 427和6 107bp,2个鸡品种存在216个变异位点,均为单一多态位点,共缺失624bp。核苷酸多样度(Pi)为0.037 2,平均核苷酸差异(K)为216。2个鸡品种MHC B-G蛋白的二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,且具有明显的跨膜螺旋结构,疏水性、柔韧性、表面可能性及抗原性预测结果显示,该蛋白具有丰富的B细胞抗原位点,分别含有108和85个磷酸化位点。MHC B-G蛋白在2个鸡品种中功能类似,但存在一定差异,2个鸡品种MHC B-G蛋白均在运输与合成功能方面可能性均最大。此外,瓦灰鸡MHC B-G蛋白主要承担生物合成辅因子的功能,在转录方面发挥重要作用;而MHC B-G蛋白在东乡绿壳蛋鸡中主要承担阳离子通道的作用。

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来源
《扬州大学学报：农业与生命科学版》 |2013年第3期|29-32|共4页
作者
屠云洁; 苏一军; 李国辉; 张学余; 殷建玫;
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作者单位

中国农业科学院家禽研究所;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类遗传、育种;
关键词
鸡; MHC基因; 多样性; 生物信息学;

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