基因组比较数据可视化的快速实现

胡祎瑶; 钟扬

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Circos软件是一款功能强大的用于基因组比较分析数据可视化的图形生成软件,但是该软件需要使用者自己编程提取所需数据,因此如何将基因组注释和比较分析结果与该软件衔接是个非常实际的问题.这里,我们开发了一个能够将基因组数据快速与Circos^([1])软件衔接的工具一Geno2Cir.这个工具可以处理对位排列好的基因组数据,进行物种间序列差异的比较,得到能够直接用于生成Circos图像的文件.本工具不仅可以进行基因组之间的两两比较,也可以进行多个基因组之间的同时比较.前者利用窗口步移法进行序列之间的直接比较,后者利用K2P(Kimura-2-parameter)方法先计算两两序列之间的距离,然后得到所有序列之间的距离矩阵之后再计算总体的差异.这一工具可以应用于裸子植物松属物种的叶绿体基因组,以及亲缘关系较远但是序列差异较小的凤蝶总科线粒体基因组的比较.

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来源
《复旦学报：自然科学版》 |2014年第1期|107-112|共6页
作者
胡祎瑶; 钟扬;
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作者单位

复旦大学生命科学学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类生物信息论;
关键词
Geno2Cir; 比较基因组学; 可视化; Circos;

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