高粱耐冷基因全基因组鉴定及进化分析

张国琴; 葛玉彬; 张正英

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高粱耐冷基因全基因组鉴定及进化分析

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利用公布的高粱全基因组数据,以及BLAST、Pfam、MEGA6.0等生物信息学软件对高粱相关耐冷基因数量、系统进化树进行分析。结果表明,在高粱全基因组中共有AP2家族基因203个、ICE1基因252个、EIN3基因15个、SNAC2基因133个、AMP1基因3个、COLD1基因3个、qLTG3-1基因53个、ctb1基因90个。通过进化树分析,高粱中XP002457016.1、XP021-317625.1;XP002463411.2、XP002467935.1、XP021317527.1;XP002447111.1、XP021-315473.1、XP002447110.1、XP021318475.1、XP021318476.1;XP002449576.1、XP002459022.1;XP002466328.1;XP021317902.1;XP002446618.1、XP002452340.1和XP021314112.1基因与模式作物中AP2基因家族、AtEIN3、Osctb1、OsqLTG3-1、AtAMP1、OsCOLD1、OsSNAC2亲缘关系最近,主要分布在高粱1、2、3、4、5、6号染色体。综合分析,在高粱全基因组中耐冷转录因子(AP2、EIN3、ICE1、SNAC2)拷贝数较多,与模式作物耐冷基因亲缘关系最近的基因主要分布在高粱1、3、5号染色体,耐冷功能基因(COLD1、qLTG3-1、ctb1、AMP1)拷贝数较少,与模式作物耐冷基因亲缘关系最近的基因主要分布在1、4、6号染色体。

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来源
《寒旱农业科学》 |2020年第12期|37-41|共5页
作者
张国琴; 葛玉彬; 张正英;
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作者单位

甘肃省农业科学院作物研究所;

甘肃兰州730070;

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正文语种 chi
中图分类高粱;
关键词
高粱; 耐冷基因; 全基因组鉴定; 进化分析;

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