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宏基因组二代测序在重症社区获得性肺炎病原体检测中的应用

         
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目的:评估重症社区获得性肺炎(SCAP)患者的气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因组二代测序(mNGS)与常规检测法在病原体的检测方面的性能。方法:回顾性分析2019年1月至2021年10月期间就诊于兰州大学第二医院临床诊断为SCAP的88例患者,统计患者住院期间BALF标本送检结果,分析mNGS法和常规检测法检测病原体的性能,并分析其对混合性感染的诊断价值。结果:mNGS法共检出56种病原体,包括细菌、真菌、病毒、非典型病原菌共188个菌株。88名患者中,53例样本mNGS法与常规检测法检测结果一致,相比传统检测法mNGS检出的病原体菌株数更多。在mNGS及常规检测法的对比中,mNGS法检测到病原体阳性率94.31%,传统检测法阳性率39.77%,两者差异有统计学意义(χ^(2)=65.480,P<0.001)。与常规检测法相比,mNGS法诊断细菌的敏感性和特异性分别为97.14%、33.96%,阳性预测值为49.28%,阴性预测值为94.74%。mNGS法检测真菌的敏感性和特异性分别为57.69%、75.81%,阳性预测值为50.00%,阴性预测值为81.03%。结论:在SCAP的患者中,应用mNGS方法对BALF标本进行病原学检测可以提高病原体检测的阳性率,特别是在检测细菌方面有较高的敏感性和特异性,在检测混合性感染方面有一定的优势。

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