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基于DNA甲基化的分子亚型可预测肝细胞癌患者的预后

         
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目的 研究甲基化位点联合基因表达预测肝细胞癌患者预后的作用.方法 基于癌症基因组图谱数据库(TCGA)的424例肝细胞癌样本,通过COX比例风险回归分析筛选出具有独立预后能力的CpG位点,然后利用一致性聚类方法进行肿瘤分型,对差异CpG位点相应的启动子基因进行功能富集分析,最后根据分型差异分析构建甲基化位点的预后模型,以及Suivival、ROC曲线判断风险模型的临床应用价值.结果 在癌组织和正常组织中成功筛选出具有独立预后能力的2248个差异甲基化位点,利用一致性聚类方法得到7个肿瘤亚组,亚组间的预后差异有统计学意义(P<0.05),亚组间临床特征如TMN分期、年龄、病理分期(Stage)和组织学分级(Grade)各不相同,这种临床差异和预后也密切关联.对差异甲基化位点相应的启动子基因进行功能富集分析,它们主要涉及RNA运输、细胞周期、p53信号通路和剪接体.多变量Cox回归构建肿瘤预后风险模型:风险评分=4.98×cg05489143-21.18×cg09600437+3.50×cg19165652+4.59×cg19569208+11.08×cg22732432+5.07×cg22958262-16.02×cg24153171+4.75×cg2545598.根据该模型计算,随着风险评分的增高,高风险组的生存时间虽然没有明显下降,但是死亡率明显升高.另外,高低风险两组的预后具有显著差异,同时,ROC曲线的AUC值为0.822.结论 在癌组织和癌旁组织中成功筛选出2248个差异甲基化位点并通过一致性聚类方法得到7个肿瘤亚组,根据分型差异分析构建甲基化位点的预后模型,该模型可以很好地预测患者的存活率.

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