高原林蛙线粒体全基因组序列测定及系统发育分析

张湑泽; 董豹; 哈金强; 赵英; 魏生楠; 韦迎婷

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高原林蛙线粒体全基因组序列测定及系统发育分析

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利用二代测序技术Illumina平台对高原林蛙(Rana kukunoris)线粒体进行低覆盖全基因组测序,对线粒体基因组进行获取、拼接与注释,获得高原林蛙线粒体全基因组序列,序列全长21913 bp,主要包括tRNA基因(22个)、rRNA基因(2个)、CDS(13个)和D-loop(1个)4部分。除轻链中的[STBX]NAD6外,其他蛋白质编码基因都在同一条链上。在编码基因中,共发现3个重叠基因:[STBX]COX1/trnS2、[STBX]ATP6/ATP8和[STBX]NAD4L/NAD4。高原林蛙线粒体基因组具有AT偏好性,蛋白质编码基因中氨基酸使用最频繁的是Leu和Ser,tRNA基因都有经典的三叶草结构。KaKs分析显示,高原林蛙线粒体基因组编码基因未检测到正选择作用。基于高原林蛙线粒体全基因组构建的系统发育树表明,高原林蛙与中国林蛙亲缘关系最近。研究结果将为高原林蛙的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。

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来源
《生物学杂志》 |2023年第4期|54-61|共8页
作者
张湑泽; 董豹; 哈金强; 赵英; 魏生楠; 韦迎婷;
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作者单位

青海民族大学生态环境与资源学院;

青海省特色经济植物高值化利用重点实验室;

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正文语种 chi
中图分类 Q951.3;
关键词
高原林蛙; 线粒体全基因组; 序列分析; 系统发育; 物种分化;

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