基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨

廖存; 廖锡文; 韦瑞丽; 黄伟; 龚艺贞; 马辉

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目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法(GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制.方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database (MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集.结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集.在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集.直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关.结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控.

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来源
《结直肠肛门外科》 |2019年第4期|422-426|共5页
作者
廖存; 廖锡文; 韦瑞丽; 黄伟; 龚艺贞; 马辉;
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作者单位

广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁 530021;

广西医科大学第一附属医院肝胆外科广西南宁 530021;

广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁 530021;

广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁 530021;

广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁 530021;

广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁 530021;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肠肿瘤;
关键词
直肠癌; 癌症基因组图谱; 全基因组RNA测序; 基因集富集分析;

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