癌症基因组图谱

摘要： 目的探索miR⁃135b⁃5p在口腔鳞状细胞癌(oral squamouscellcarcinoma,OSCC)及癌旁组织中的表达及其临床意义,预测miR⁃135b⁃5p靶基因并进行相关生物信息学分析。方法通过肿瘤与癌症基因图谱(the CancerGenomeAtlas,TCGA)、基因表达数据库(Gene ExpressionOmnibus,GEO)数据库分析miR⁃135b⁃5p在OSCC组织和癌旁组织中的表达并分析其临床意义;临床收集新鲜组织标本,采用实时荧光定量PCR验证不同组织中miR⁃135b⁃5p的表达情况。采用生物信息学方法预测miR⁃135b⁃5p的靶基因并进行通路富集分析。构建蛋白互作网络筛选关键靶基因。结果OSCC组织中miR⁃135b⁃5p表达量较癌旁组织上调,差异有统计学意义(P<0.001);miR⁃135b⁃5p表达量对OSCC组织具有良好的诊断效能(AUC=0.960,P<0.001);OSCC组织中miR⁃135b⁃5p表达水平与组织病理分级相关(P=0.011);生信分析结果显示,miR⁃135b⁃5p的靶基因富集在与肿瘤相关的钙离子、cGMP⁃PKG、cAMP信号通路中;筛选得到10个关键靶基因:DLG2、ANK3、ERBB4、SCN2B、NBEA、GABRB2、ATP2B2、SNTA1、CACNA1D、SPTBN4。结论miR⁃135b⁃5p可作为一种促癌基因参与OSCC的发生发展,并具有成为OSCC诊断标志物及治疗靶点的潜在应用价值。

摘要： 目的探索miR⁃135b⁃5p在口腔鳞状细胞癌(oral squamouscellcarcinoma,OSCC)及癌旁组织中的表达及其临床意义,预测miR⁃135b⁃5p靶基因并进行相关生物信息学分析。方法通过肿瘤与癌症基因图谱(the CancerGenomeAtlas,TCGA)、基因表达数据库(Gene ExpressionOmnibus,GEO)数据库分析miR⁃135b⁃5p在OSCC组织和癌旁组织中的表达并分析其临床意义;临床收集新鲜组织标本,采用实时荧光定量PCR验证不同组织中miR⁃135b⁃5p的表达情况。采用生物信息学方法预测miR⁃135b⁃5p的靶基因并进行通路富集分析。构建蛋白互作网络筛选关键靶基因。结果OSCC组织中miR⁃135b⁃5p表达量较癌旁组织上调,差异有统计学意义(P<0.001);miR⁃135b⁃5p表达量对OSCC组织具有良好的诊断效能(AUC=0.960,P<0.001);OSCC组织中miR⁃135b⁃5p表达水平与组织病理分级相关(P=0.011);生信分析结果显示,miR⁃135b⁃5p的靶基因富集在与肿瘤相关的钙离子、cGMP⁃PKG、cAMP信号通路中;筛选得到10个关键靶基因:DLG2、ANK3、ERBB4、SCN2B、NBEA、GABRB2、ATP2B2、SNTA1、CACNA1D、SPTBN4。结论miR⁃135b⁃5p可作为一种促癌基因参与OSCC的发生发展,并具有成为OSCC诊断标志物及治疗靶点的潜在应用价值。

摘要： 目的 利用公共数据库构建用于临床治疗肝细胞癌(HCC)的预后风险模型。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载HCC以及癌旁正常组织的mRNA表达数据及临床信息。在TCGA队列中筛选与总生存期(OS)相关的差异表达基因(DEGs),从中抽取2个或3个mRNAs构成一个组合,对所有组合进行Cox风险比例回归模型构建。通过受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)确定最优基因组合,并进行基于ICGC队列的外部验证;以TCGA队列的风险评分中位值将患者分为高风险组与低风险组,进行基因集富集分析(GSEA),并通过pRRophetic R软件包预测HCC患者使用索拉非尼、丝裂霉素、依托泊苷、阿霉素、紫杉醇和顺铂的相对半抑制浓度(IC;)。结果 该预后风险模型预测TCGA队列的1、3、5年OS的ROC的AUC分别是0.786、0.713、0.699,预测ICGC队列的1、3、4年OS的ROC的AUC分别为0.719、0.709、0.766。GSEA表明高风险组患者细胞周期相关通路被激活,胆汁酸代谢被抑制。索拉非尼在低风险组的IC;低于高风险组,而细胞周期相关化疗药物在低风险组的IC;高于高风险组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 本研究建立并验证了HCC预后风险模型,为HCC患者个体化诊疗方案的制订提供参考依据。

摘要： 目的结合生物信息学方法,使用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中宫颈癌表达谱数据,通过ESTIMATE算法分析肿瘤微环境挖掘有价值的预测免疫治疗疗效相关的预后基因。方法从TCGA数据库下载宫颈癌数据,运用R软件ESTIMATE包将宫颈癌基因表达谱数据分为高低免疫/高低基质评分组,通过limma包计算各组差异基因,最终两组的交集基因将用于生存分析、功能富集分析及蛋白互作网络构建。使用R Survival软件包分析高低免疫/高低基质评分组与预后的关系,同时使用Wilcox检验分析高低免疫/高低基质评分组与临床特征之间的关系。结果高免疫评分组与预后呈正相关(P=0.035);高基质评分组中位总生存期延长,但无统计学意义(P=0.391)。高免疫评分组、高基质评分组与M分期呈正相关(P2且FDR<0.05,共鉴定出485个交集差异基因(上调475个,下调10个)。差异基因生存分析显示157个基因与预后有关。基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书途径(KEGG)共富集788个基因本体术语和36条通路(FDR<0.05)。差异基因构建PPI网络并利用Cytoscape提取3个关键核心网络,共包括66个基因,其中12个也与预后相关。结论基于TCGA数据库分析肿瘤微环境获得的免疫预后相关基因可能是潜在的免疫治疗疗效预测的生物标志物,值得深入研究。

摘要： 目的通过对癌症基因组图谱数据库的生物信息学分析,探讨SOX21基因的差异表达在胶质母细胞瘤病人中的预后价值及临床意义。方法采用Wilcoxon非参数检验比较SOX21基因在胶质母细胞瘤组织和非肿瘤组织中的表达,采用Logistic回归分析SOX21与临床病理特征的关系。进一步采用Kaplan-Meier和Cox回归分析SOX21基因与胶质母细胞瘤病人生存概率的相关性。最后,通过基因集富集分析对SOX21基因的生物学功能进行注释。结果SOX21基因在胶质母细胞瘤中的表达与亚型显著相关,与经典型相比,间质型、神经元型和前神经元型的差异有统计学意义(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析显示,SOX21基因表达下调的胶质母细胞瘤病人预后较SOX21基因表达上调的胶质瘤差(P=0.003)。单因素分析表明,SOX21基因表达上调与良好的总生存(OS)相关[HR=0.69,95%CI(0.54,0.88),P=0.003];多因素分析显示,SOX21基因也与胶质母细胞瘤的OS独立相关[HR=0.70,95%CI(0.55,0.90),P=0.005]。基因集富集分析显示,丙酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、过氧化物酶体和赖氨酸降解均集中于SOX21高表达表型。结论SOX21表达上调可能是胶质母细胞瘤病人良好生存的潜在预后生物标志物。此外,丙酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解、过氧化物酶体和赖氨酸的降解可能是SOX21基因在胶质母细胞瘤中调控的关键信号通路。

摘要： 目的探究NSUN2基因在多形性胶质瘤(GBM)中的表达及临床意义。方法从TCGA数据库下载正常脑组织和GBM组织测序数据及临床信息,采用R语言分析NSUN2基因的表达差异及其与临床病理特征的关系,利用单因素和多因素Cox回归模型分析GBM发生发展相关风险因素,CSEA软件分析NSUN2基因可能参与的信号通路,实时荧光定量PCR(qPCR)和免疫组织化学(IHC)对胶质瘤组织和癌旁组织进行mRNA和蛋白质表达水平验证分析。结果 GBM组织中NSUN2表达高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.05);不同年龄、WHO分级、应答深度及IDH分型的GBM组织中NSUN2表达比较,差异有统计学意义(P<0.05);单因素和多因素Cox回归分析显示,NSUN2基因可作为GBM的独立预后因素。CSEA结果显示,NSUN2高表达与肿瘤相关通路相关;qPCR和IHC实验显示,与癌旁组织相比,胶质瘤组织中NSUN2基因的m RNA和蛋白质表达水平更高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 GBM组织中NSUN2基因高表达且和病理特征相关,可能通过参与蛋白质相关的代谢促进GBM的发展,可作为GBM的预后标志物。

摘要： 目的通过TCGA数据库对肺腺癌(LUAD)病人相关测序资料进行分析,探讨与LUAD预后相关的长链非编码RNA(LncRNAs)。方法从TCGA数据库下载LUAD的基因表达资料及临床信息,使用edge R包进行差异分析,Survival包行预后分析,加权基因共表达网络分析(WGCNA)包构建共表达网络,寻找与生存显著相关的基因模块,ClusterProfiler包对目标模块的mRNA进行基因本体论(GO)注释和KEGG富集分析。结果共筛选得到15473个差异表达基因(DEGs),进一步筛选得到187个差异表达的LncRNAs(DELncRNAs),其中80个DELncRNAs表达上调,107个DELncRNAs表达下调。将DELncRNAs纳入Cox危险比例回归模型进行分析,得到影响LUAD病人预后的15个LncRNAs。Kaplan Meier分析验证显示,Cox分析结果中低风险的LUAD病人较高风险者拥有更长的生存期。通过WGCNA生成40个模块,其中violet模块与生存相关性最高(r=0.680,P<0.05);violet模块中的LncRNAs与预后相关的DELncRNAs取交集,通过筛选得到LINC00982。对violet模块的mRNA进行富集分析后显示,LINC00982在血管生成、白细胞介素-6(IL-6)、淋巴免疫等有关的生物学过程(BP)中显著富集,在核染色体等有关的细胞成分(CC)中占比增加,与嘧菌酯域结合等有关的分子功能(MF)有关,主要参与IL-17、PD-L1等相关的信号通路。Pearson分析显示,PRDM16表达水平随LINC00982表达上调而升高(r=0.897,P<0.001),可能为LINC00982的靶基因。结论LINC00982可能为预测LUAD病人预后的生物学标志物,通过靶控PRDM16参与LUAD的发生发展。

摘要： 目的探讨RAD54L基因在肝细胞癌(HCC)中的诊断及预后价值。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)的HCC数据,分析RAD54L对HCC的诊断价值以及与临床特征的关系。采用生存分析、单因素Cox回归、多因素Cox回归分析RAD54L在HCC患者中的预后价值。利用TIMER数据库分析RAD54L与免疫浸润细胞丰度的关系。利用基因集富集分析(GSEA)预测RAD54L高表达的相关通路。结果RAD54L基因在HCC中表达水平高于癌旁组织,且具有诊断价值,表达水平与性别、病理学分级等相关(P<0.05)。RAD54L表达水平是HCC独立的预后因素,高表达的患者预后较差。RAD54L表达水平与免疫浸润细胞的丰度相关。RAD54L高表达富集于细胞周期、同源重组等通路。结论RAD54L可能是HCC潜在的诊断和预后标志物。

摘要： 目的构建预测OSSC患者预后的模型。方法从TCGA数据库下载了OSCC队列相关数据,并筛选出DEGs,将TCGA-OSCC队列样本分为训练集和测试集。在训练集中筛选出与预后相关的DEGs并建立预后模型,并在测试集中验证预后模型的预测能力。结果最终筛选出10个与OSCC预后相关的DEGs,风险评分是影响OSCC患者预后的独立指标。对训练集样本进行KM生存分析(P<0.01)和ROC曲线分析(AUC=0.80),证实了预后模型的良好性能,并在测试集中得到了验证。结论本研究构建的预后模型可以准确预测OSCC患者预后,有助于对患者实施个性化治疗方案。

摘要： 目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ^(2)检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因(DEGs)。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关(χ^(2)=6.391,P=0.011)。免疫评分与M分期(χ^(2)=4.769,P=0.029)、T分期(χ^(2)=11.672,P=0.009)和总生存期(χ^(2)=6.334,P=0.009)显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN(P=0.0181)、PLEK(P=0.0434)、LY86(P=0.0136)、HCK(P=0.0487)对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。

摘要： 本发明涉及基于癌症基因组和非特异性基因标签的大规模药物重定位方法。本发明首次揭示一种通过整合分析大规模、不同癌症类型的转录组数据，来提取无组织来源背景的单个人类编码基因突变的表达谱核心标签的方法。基于核心标签，本发明首次提供了针对人体内环境的、非以往基于模式动物或细胞的、可以全面覆盖8,000多个人类基因组潜在药物靶基因的药物重定位方法，并首次设计了衡量药物‑靶基因相互作用特异性的定量指标，从而实现了大规模全面分析人类药物靶基因的药物重定位分析方法，为药物靶点设计和人类疾病的治疗提供新的途径。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 测定受试者的急性同种异体移植物排斥状态的方法，该方法包含下述步骤：测定来自受试者的生物样品中一种或超过一种核酸标志物的核酸表达图谱，或一种或超过一种蛋白质组标志物；将一种或超过一种核酸标志物的表达图谱与对照图谱进行对比；和确定一种或超过一种核酸标志物的表达水平是否相对于对照图谱升高，其中一种或超过一种核酸标志物的升高是受试者的急性排斥状态的指示。

摘要： 本发明涉及基于癌症基因组和非特异性基因标签的大规模药物重定位方法。本发明首次揭示一种通过整合分析大规模、不同癌症类型的转录组数据，来提取无组织来源背景的单个人类编码基因突变的表达谱核心标签的方法。基于核心标签，本发明首次提供了针对人体内环境的、非以往基于模式动物或细胞的、可以全面覆盖8,000多个人类基因组潜在药物靶基因的药物重定位方法，并首次设计了衡量药物‑靶基因相互作用特异性的定量指标，从而实现了大规模全面分析人类药物靶基因的药物重定位分析方法，为药物靶点设计和人类疾病的治疗提供新的途径。

摘要： 提供了一种鉴定癌症细胞中的表观遗传学沉默基因例如甲基化沉默基因的方法。另外，提供了通过检测基因表达的表观遗传学沉默来鉴定癌症的方法，还提供了治疗患有这样的癌症的患者的方法，所述的癌症例如结直肠癌和/或胃癌。还提供了用于实施这些方法的试剂。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本发明提供了一种鉴定细菌质粒基因组及其特征图谱的综合性方法，所述方法筛选出候选的质粒序列并统计基本信息；再从公共数据库下载已知的质粒序列数据，同源聚类并去冗余构建参考数据库；对确定为质粒的序列进行特征分析，全面刻画细菌质粒基因组的特征图谱；评估质粒所携带的抗菌素耐药基因的风险等级及相应的拷贝数数量，整体评估质粒耐药基因的风险程度；统计各细菌的质粒信息并进行归类统计，从整体上描述用户提供的细菌基因组的完整质粒信息。本发明方法可作为院内获得性感染，社区获得性感染，抗菌素耐药性流行和预测的基础工具，对于研究细菌内部因水平基因转移而增加的菌种遗传多样性及受体菌获得新的生物学性状方面也会有积极作用。

摘要： 本发明公开了一种药物基因组学知识图谱构建方法及系统，该方法包括：获取与药物基因组学相匹配的初始数据信息；对所述初始数据信息进行数据抽取处理，获得目标数据信息；根据所述目标数据信息，确定分析维度以及所述分析维度之间的关联关系；基于所述分析维度和所述分析维度之间的关联关系，构建获得初始药物基因组学知识图谱；对所述初始药物基因组学知识图谱进行验证，获得目标药物基因组学知识图谱。通过本发明实现了基于药物基因组学指导精准用药，提高药物疗效的目的。

摘要： 本实用新型公开了一种DNA多聚酶联锁反应基因组图谱绘制装置，包括绘制板，绘制板后部的一侧和一侧的中部均固定连接有立安装板，立安装板上通过活动轴活动连接有位于绘制板上表面的滚轮，滚轮和绘制板之间搭接有图纸，绘制板一侧中部的立安装板上固定连接有输出轴和滚轮内轴固定固连接的伺服电机。通过设置烘干扇，便于在绘制笔绘制出图谱后，笔墨未干透时候，将图纸上的图谱印记及时吹干，避免因图纸过长需要卷曲时，所造成的粘墨现象，通过设置滚轮，结合滚轮之间的联动状态连接轴，便于平行同步移动图纸，使得图纸步进稳定，避免偏移，通过设置夹紧器，便于工具箱拆卸使用。